在 ggalt 包中使用 "geom_xspline" 时的空白绘图输出
Blank Plot Output when using "geom_xspline" in ggalt package
当尝试将 ggalt 中的 geom_xspline 与 ggpubr 中的 ggarrange 结合使用时，输出为空白，在使用 [ 清除之前无法绘制其他图=18=].
在我的用例中，我希望 geom_xspline 替换我的 ggplot 对象中的一些现有 geom_line。有人知道使用从其他 R 包添加的 geom 的问题吗？
这里有一些代码可以比较，没什么有趣的，只是举一个可重现的例子：
初始工作代码w/ogeom_xspline
library(ggplot2)
library(ggpubr)
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_line()
ggarrange(myplot, myplot) # Works and outputs fine
使用 ggalt 包失败的代码
library(ggalt)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_xspline()
ggarrange(myplot, myplot) # Output becomes blank and freezes the plot panel
替代方法
我没有使用 ggarrange，而是尝试了此 link 中的函数 grid_arrange_shared_legend，它使用 grid 和 gridExtra。但是，我还是很好奇为什么 ggarrange 不起作用。
这是我的会话信息：
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] ggpubr_0.1.8 magrittr_1.5 ggplot2_3.0.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.18 pillar_1.3.0 compiler_3.5.1 RColorBrewer_1.1-2 plyr_1.8.4 bindr_0.1.1
[7] tools_3.5.1 extrafont_0.17 tibble_1.4.2 gtable_0.2.0 pkgconfig_2.0.1 rlang_0.2.1
[13] rstudioapi_0.7 yaml_2.2.0 bindrcpp_0.2.2 Rttf2pt1_1.3.7 withr_2.1.2 dplyr_0.7.6
[19] maps_3.3.0 grid_3.5.1 ggalt_0.4.0 tidyselect_0.2.4 cowplot_0.9.3 glue_1.3.0
[25] R6_2.2.2 purrr_0.2.5 extrafontdb_1.0 scales_1.0.0 MASS_7.3-50 assertthat_0.2.0
[31] proj4_1.0-8 colorspace_1.3-2 labeling_0.3 KernSmooth_2.23-15 ash_1.0-15 lazyeval_0.2.1
[37] munsell_0.5.0 crayon_1.3.4
快速添加，如果我将对象转换为 ggplotGrob()，它将与 ggarrange 一起使用，但当我尝试使用 common.legend = T.[=32= 时它将失败]
好吧，我不确定为什么 ggpubr::ggarrange 在与 ggalt::geom_xspline 一起使用时会导致绘图面板失败，但我可以告诉你绘图仍在创建中，只是现在才显示在绘图面板上。
所以似乎将它们一起使用会导致绘图设备出现故障，并且它只发生在 ggalt::geom_xspline 而不是 ggalt. That is a bug so you are on the right track posting to GitHub 中的所有 geoms。
您可以通过 运行 下面的代码检查：
library(ggalt)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_xspline()
myplot
g <- ggarrange(myplot, myplot) # Output becomes blank and freezes the plot panel
g
jpeg('rplot.jpg')
g
dev.off()
#> pdf
#> 3
由 reprex package (v0.3.0)
于 2019-05-30 创建
这是保存的情节：
geom_xspline 所基于的 xspline 函数通常使用 graphics 自动绘图。这导致 ggalt 包作者找到了一些 work-arounds 以确保它能与 ggplot 很好地配合。我的粗略解决方案都涉及在不使用 xspline 的情况下从 ggplot 创建或调整 geom 或 stat。这使得在使用 ggplot.
摄取之前无需大量 pre-processing 数据就可以更轻松地使用
(1) 新 stat 使用 splines
使用 spline 代替 xspline 进行点插值。
# Create a new stat (adjusted from ggalt GitHub page)
stat_spline <- function(mapping = NULL, data = NULL, geom = "line",
position = "identity", na.rm = TRUE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE,
n=200, method = "fmm", ...) { # Just picking a rough default for n
layer(
stat = StatSpline,
data = data,
mapping = mapping,
geom = geom,
position = position,
show.legend = show.legend,
inherit.aes = inherit.aes,
params = list(n=n,
method=method,
na.rm = na.rm,
...
)
)
}
StatSpline <- ggproto("StatSpline", Stat,
required_aes = c("x", "y"),
compute_group = function(self, data, scales, params,
n=200, method = "fmm") {
tmp <- spline(data$x, data$y, n = n, method = method, ties = mean)
data.frame(x=tmp$x, y=tmp$y)
}
)
# Plot with ggarrange
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
stat_spline(mapping = aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_point()
ggpubr::ggarrange(myplot, myplot)
如果您想要类似于 Catmull-Rom 而不是 Cubic 的样条曲线，则此方法并不理想；你可以看到控制点之间有一些大的弯曲。
(2) 使用 xsplineGrob
新建 geom
这是 ggalt
geom_xspline2 的略微调整版本
# Create new geom based upon code from ggalt GitHub page
GeomXSpline3 <- ggproto("GeomXSpline3", Geom,
required_aes = c("x", "y"),
default_aes = aes(colour = "black", shape=-1, open=T),
draw_key = draw_key_point,
draw_panel = function(data, panel_params, coord) {
coords <- coord$transform(data, panel_params)
grid::xsplineGrob(
coords$x, coords$y,
shape = coords$shape,
open = coords$open[1],
gp = grid::gpar(col = coords$colour)
)
}
)
geom_xspline3 <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity",
position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,
inherit.aes = TRUE, ...) {
layer(
geom = GeomXSpline3, mapping = mapping, data = data, stat = stat,
position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes,
params = list(na.rm = na.rm, ...)
)
}
# Plot with ggarrange
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_xspline3(shape = -.25) + geom_point()
ggpubr::ggarrange(myplot, myplot)
在确保形状参数仍然接受介于 -1 和 1 之间的输入方面存在一些问题，但是，现在 ggarrange 似乎可以正常工作。
我在编写此解决方案时使用了以下资源：
- A blog post 来自
ggalt 的作者
geom_xspline and geom_xspline2- ggplot vignette 关于扩展 ggplot
当尝试将 ggalt 中的 geom_xspline 与 ggpubr 中的 ggarrange 结合使用时，输出为空白，在使用 [ 清除之前无法绘制其他图=18=].
在我的用例中，我希望 geom_xspline 替换我的 ggplot 对象中的一些现有 geom_line。有人知道使用从其他 R 包添加的 geom 的问题吗？
这里有一些代码可以比较，没什么有趣的，只是举一个可重现的例子：
初始工作代码w/ogeom_xspline
library(ggplot2)
library(ggpubr)
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_line()
ggarrange(myplot, myplot) # Works and outputs fine
使用 ggalt 包失败的代码
library(ggalt)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_xspline()
ggarrange(myplot, myplot) # Output becomes blank and freezes the plot panel
替代方法
我没有使用 ggarrange，而是尝试了此 link 中的函数 grid_arrange_shared_legend，它使用 grid 和 gridExtra。但是，我还是很好奇为什么 ggarrange 不起作用。
这是我的会话信息：
R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] ggpubr_0.1.8 magrittr_1.5 ggplot2_3.0.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.18 pillar_1.3.0 compiler_3.5.1 RColorBrewer_1.1-2 plyr_1.8.4 bindr_0.1.1
[7] tools_3.5.1 extrafont_0.17 tibble_1.4.2 gtable_0.2.0 pkgconfig_2.0.1 rlang_0.2.1
[13] rstudioapi_0.7 yaml_2.2.0 bindrcpp_0.2.2 Rttf2pt1_1.3.7 withr_2.1.2 dplyr_0.7.6
[19] maps_3.3.0 grid_3.5.1 ggalt_0.4.0 tidyselect_0.2.4 cowplot_0.9.3 glue_1.3.0
[25] R6_2.2.2 purrr_0.2.5 extrafontdb_1.0 scales_1.0.0 MASS_7.3-50 assertthat_0.2.0
[31] proj4_1.0-8 colorspace_1.3-2 labeling_0.3 KernSmooth_2.23-15 ash_1.0-15 lazyeval_0.2.1
[37] munsell_0.5.0 crayon_1.3.4
快速添加，如果我将对象转换为 ggplotGrob()，它将与 ggarrange 一起使用，但当我尝试使用 common.legend = T.[=32= 时它将失败]
好吧，我不确定为什么 ggpubr::ggarrange 在与 ggalt::geom_xspline 一起使用时会导致绘图面板失败，但我可以告诉你绘图仍在创建中，只是现在才显示在绘图面板上。
所以似乎将它们一起使用会导致绘图设备出现故障，并且它只发生在 ggalt::geom_xspline 而不是 ggalt. That is a bug so you are on the right track posting to GitHub 中的所有 geoms。
您可以通过 运行 下面的代码检查：
library(ggalt)
library(ggplot2)
library(ggpubr)
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_xspline()
myplot
g <- ggarrange(myplot, myplot) # Output becomes blank and freezes the plot panel
g
jpeg('rplot.jpg')
g
dev.off()
#> pdf
#> 3
由 reprex package (v0.3.0)
于 2019-05-30 创建这是保存的情节：
geom_xspline 所基于的 xspline 函数通常使用 graphics 自动绘图。这导致 ggalt 包作者找到了一些 work-arounds 以确保它能与 ggplot 很好地配合。我的粗略解决方案都涉及在不使用 xspline 的情况下从 ggplot 创建或调整 geom 或 stat。这使得在使用 ggplot.
(1) 新 stat 使用 splines
使用 spline 代替 xspline 进行点插值。
# Create a new stat (adjusted from ggalt GitHub page)
stat_spline <- function(mapping = NULL, data = NULL, geom = "line",
position = "identity", na.rm = TRUE, show.legend = NA, inherit.aes = TRUE,
n=200, method = "fmm", ...) { # Just picking a rough default for n
layer(
stat = StatSpline,
data = data,
mapping = mapping,
geom = geom,
position = position,
show.legend = show.legend,
inherit.aes = inherit.aes,
params = list(n=n,
method=method,
na.rm = na.rm,
...
)
)
}
StatSpline <- ggproto("StatSpline", Stat,
required_aes = c("x", "y"),
compute_group = function(self, data, scales, params,
n=200, method = "fmm") {
tmp <- spline(data$x, data$y, n = n, method = method, ties = mean)
data.frame(x=tmp$x, y=tmp$y)
}
)
# Plot with ggarrange
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
stat_spline(mapping = aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_point()
ggpubr::ggarrange(myplot, myplot)
如果您想要类似于 Catmull-Rom 而不是 Cubic 的样条曲线，则此方法并不理想；你可以看到控制点之间有一些大的弯曲。
(2) 使用 xsplineGrob
geom
这是 ggalt
geom_xspline2 的略微调整版本
# Create new geom based upon code from ggalt GitHub page
GeomXSpline3 <- ggproto("GeomXSpline3", Geom,
required_aes = c("x", "y"),
default_aes = aes(colour = "black", shape=-1, open=T),
draw_key = draw_key_point,
draw_panel = function(data, panel_params, coord) {
coords <- coord$transform(data, panel_params)
grid::xsplineGrob(
coords$x, coords$y,
shape = coords$shape,
open = coords$open[1],
gp = grid::gpar(col = coords$colour)
)
}
)
geom_xspline3 <- function(mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity",
position = "identity", na.rm = FALSE, show.legend = NA,
inherit.aes = TRUE, ...) {
layer(
geom = GeomXSpline3, mapping = mapping, data = data, stat = stat,
position = position, show.legend = show.legend, inherit.aes = inherit.aes,
params = list(na.rm = na.rm, ...)
)
}
# Plot with ggarrange
myplot = ggplot(data = mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
geom_xspline3(shape = -.25) + geom_point()
ggpubr::ggarrange(myplot, myplot)
在确保形状参数仍然接受介于 -1 和 1 之间的输入方面存在一些问题，但是，现在 ggarrange 似乎可以正常工作。
我在编写此解决方案时使用了以下资源：
- A blog post 来自
ggalt 的作者
geom_xsplineandgeom_xspline2 的 GitHub 页面
- ggplot vignette 关于扩展 ggplot