在 Nextflow 中执行 Singularity 容器时激活 conda 环境

Question

我正在使用 Singularity 容器从 Nextflow 工作流管理系统执行运行命令。我在 Singularity 中有一个 conda 环境，当我 shell 进入容器

时我可以激活它

singularity pull shub://brucemoran/Singularity:pcgr.centos7
singularity shell brucemoran-Singularity-pcgr.centos7.img
#<inside container>
source activate pcgr

当 Nextflow 执行时，我已经定义为 source activate pcgr，我认为它应该激活 conda env。但是我收到 unbound variable HOST 警告。我认为这与变量的非激活和后续使用有关，如果环境被激活（？）。

我希望容器在执行时激活 env (pcgr)。我试过

%run
 source activate pcgr

和

%post
 source activate pcgr

但这对我不起作用

singularity exec pcgr.img which pcgr.py
which: no pcgr.py in ...

我看不出这是如何完成的，但假设这很容易，而且我忽略了一些东西！

感谢帮助。

Answer 1

singularity中的shell在特殊的环境下运行，所以标准conda对.bashrc的修改不起作用。相反，您需要修改 $SINGULARITY_ENVIRONMENT 变量。您的 Singularity 定义文件中的这些内容应该可以工作：

# set to whatever your conda path is, I usually install to /opt
echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT
echo "conda activate pcgr" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT

这样conda环境会自动激活。如果您更喜欢在您的步骤中手动激活它，您可以省略第二行并在您的 %run 步骤中这样做。

编辑： 更改为使用 . 而不是 source 以与 /bin/sh 兼容，在下面的评论中提到

在 Nextflow 中执行 Singularity 容器时激活 conda 环境

Activate conda environment on execution of Singularity container in Nextflow

conda

singularity-container