结合一个函数和for循环

Question

我有像这样的不同组织的数据

 tissueA tissueB tissueC
gene1    4.5 6.2 5.8
gene2    3.2 4.7 6.6

我想计算一个汇总统计量

x = Σ [1-log2(i,j)/log2(i,max)]/n-1

其中 n 是组织的数量（这里是 3），(i,max) 是基因 i 在 n 个组织中的最大值，（即基因 1 是 6.2）。

因为我必须为每个基因的每个组织做这个计算（总和从 j 到 n，并且 j=1）然后得到那个总和

我写了一个for循环

for (i in seq_along(x) {
my.max <- max(x[,i])
my.statistic <- (1-log2(x[,i]/log2[my.max])
my.sum <- sum(my.statistic)
my.answer <- my.sum/2 #(n-1=3-1=2)

但是我不确定如何为每一行应用这个 for 循环，通常我会写一个函数然后执行 (apply,1,function(x)) 但我不确定 for 循环如何变成了函数。

例如，对于 gene1 的预期输出，它将是

(1-log2(4.5)/log2(6.2))/2 + (1-log2(5.8)/log2(6.2))/2 =0.1060983

Answer 1

试试这个：

#data
df <- read.table(text=" tissueA tissueB tissueC
gene1    4.5 6.2 5.8
                 gene2    3.2 4.7 6.6")

#result
apply(df,1,function(i){
  my.max <- max(i)
  my.statistic <- 
    (1-log2(i)/log2(my.max))
  my.sum <- sum(my.statistic)
  my.answer <- my.sum/(length(i)-1)
  my.answer
})

#result
#     gene1     gene2 
# 0.1060983 0.2817665

Answer 2

以防万一，如果你有一个庞大的数据集，你可以使用 plyr 的 adply()，它比 apply()

更快

library(plyr)
adply(df, 1, function(x) 
data.frame( my.stat = sum(1-log2((x[,x != max(x)]))/log2(max(x))) / (length(x)-1)))

#tissueA tissueB tissueC   my.stat
#1     4.5     6.2     5.8 0.1060983
#2     3.2     4.7     6.6 0.2817665

结合一个函数和for循环

Combine a function and for loop

r

plyr

apply

bioinformatics