R: glmnet - 考克斯错误

Question

我是运行使用 glmnet 的 coxph 模型。以下是我正在使用的代码：

data <- read.csv("CSM Tiers by Org.csv", stringsAsFactors = FALSE, na.strings = "?")
x <- model.matrix(~ data$CSM + data$Exclude +  data$Queue)
y <- data$Time
status <- data$Event
glmnet(x,Surv(y,status), family = "cox")

但是，我收到以下错误：

Error in coxnet(x, is.sparse, ix, jx, y, weights, offset, alpha, nobs,  : 
negative event times encountered;  not permitted for Cox family

但我在我的数据中没有看到任何负面事件时间。

> sum(y<0)
[1] 0

非常感谢任何帮助！

Answer 1

检查 sum(y<=0)。函数中的代码表示，如果 y 也等于 0，它将 return 该错误。

代码在这里，您引用的错误在第 5 行： https://github.com/jeffwong/glmnet/blob/master/R/coxnet.R

R: glmnet - 考克斯错误

R: glmnet - cox error

r

glmnet

cox-regression