R基线包循环保存地块

Question

我正在尝试优化 R 基线包中 baseline 的参数，方法是循环更改每个参数并比较绘图以确定哪些参数给我最好的基线。我目前已经编写了代码，以便循环生成每个图，但是我在保存图时遇到了麻烦，因为我正在创建的每个对象的 class 是特定于基线包的（我是怀疑是这里的问题）。

foo <- data.frame(Date=seq.Date(as.Date("1957-01-01"), by = "day", 
                        length.out = ncol(milk$spectra)),
          Visits=milk$spectra[1,],
          Old_baseline_visits=milk$spectra[1,], row.names = NULL)
foo.t <- t(foo$Visits)
#the lines above were copied from  to make a reproducible dataset

df <- expand.grid(lambda=seq(1,10,1), p=seq(0.01,0.1,0.01))
baselinediff <- list()

for(i in 1:nrow(df)){
  thislambda <- df[i,]$lambda
  thisp <- df[i,]$p
  thisplot <- baseline(foo.t, lambda=thislambda, p=thisp, maxit=20, method='als')
  print(paste0("lambda = ", thislambda))
  print(paste0("p = ", thisp))
  print(paste0("index = ", i))
  baselinediff[[i]] <- plot(thisplot)
  jpeg(file = paste(baselinediff[[i]], '.jpeg', sep = ''))
  dev.off()
}

我知道我可以使用 baseline.als 提取校正光谱，但我只想保存带有红色基线的绘图图像，这样我就可以看到基线的绘制情况。有 baseline 的用户可以提供帮助吗？

Answer 1

我建议您按以下方式更改循环：

for(i in 1:nrow(df)){
  thislambda <- df[i,]$lambda
  thisp <- df[i,]$p
  thisplot <- baseline(foo.t, lambda=thislambda, p=thisp, maxit=20, method='als')
  print(paste0("lambda = ", thislambda))
  print(paste0("p = ", thisp))
  print(paste0("index = ", i))
  baselinediff[[i]] <- thisplot
  jpeg(file = paste('baseline', i, '.jpeg', sep = ''))
  plot(baselinediff[[i]])
  dev.off()
}

请注意，这不会尝试捕获列表中已绘制的元素 (thisplot)。相反，绘图是在您调用 jpeg 命令后完成的。这解决了您的出口问题。另一个问题是文件的命名。如果您在 paste 内调用 baselinediff[[i]]，您显然会遇到错误。所以我把它改成了一个更简单的名字。要绘制结果列表，请调用：

lapply(baselinediff, plot)

如果您决定存储已经绘制的元素，capture.plot 包中的 imager 函数可能是一个好的开始。

R基线包循环保存地块

R baseline package saving plots in a loop

r

baseline