将命令行参数传递给方差分析

Question

简单的问题，但我只能找到使用 'file=' 而非任何公式传递命令行参数的示例。

例如data.txt

id    var1  group
1     5     1
2     6     1
3     4     1
4     12    2
5     14    2
6     20    2

为什么在命令行中将组变量指定为方差分析不起作用：./anova.R data.txt 组

#!/usr/bin/env Rscript

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)

data1 <- read.table(args[1],sep="\t", header =TRUE)

result <- summary(aov(richness ~ args[2], data=data1))
write("richness",file="alphatests.txt",append=TRUE)
capture.output(result, file="alphatests.txt",append=TRUE)

variable lengths differ (found for 'args[2]') Calls: summary ... -> eval -> eval -> -> model.frame.default Execution halted

但这确实有效（当两个示例中都有列名 'group' 时）：

#!/usr/bin/env Rscript

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)

data1 <- read.table(args[1],sep="\t", header =TRUE)

result <- summary(aov(richness ~ group, data=data1))
write("richness",file="alphatests.txt",append=TRUE)
capture.output(result, file="alphatests.txt",append=TRUE)

为什么我不能将命令行参数传递给公式？

Answer 1

Command-line 参数作为字符串返回，因此当您将它传递给 aov 函数时它不起作用。一种解决方法是使用 get

result <- summary(aov(richness ~ get(args[2]), data=data1))

Answer 2

我们可以使用标准方法来更改公式

result <- summary(aov(reformulate(args[2], 'richness'), data = data1))

-完整代码

#!/usr/bin/env Rscript

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)

data1 <- read.table(args[1], header =TRUE)
result <- summary(aov(reformulate(args[2], 'richness'), data = data1))
print(result)

-运行终端中的脚本

$ Rscript anova.R data.txt group
#            Df Sum Sq Mean Sq F value Pr(>F)  
#group        1 160.17  160.17   17.47 0.0139 *
#Residuals    4  36.67    9.17                 
#---
#Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

注意：假设第二列名称为 'richness' in data1.txt

将命令行参数传递给方差分析

passing command line arguments to anova

r

anova