如何按顺序连接对象列表中的每个第 n:(nth+j) 个对象

Question

我希望连接我拥有的对象列表中的每个 nth:nth(+jth) 个对象。更具体地说，我希望将每两个对象连接起来。下面是相关列表的一小部分示例。

list("SRR1772151_1.fastq", "SRR1772151_2.fastq", "SRR1772152_1.fastq", 
    "SRR1772152_2.fastq", "SRR1772153_1.fastq", "SRR1772153_2.fastq")

我想从中创建一个看起来更接近这个的新列表。

list(c("SRR1772151_1.fastq", "SRR1772151_2.fastq"), c("SRR1772152_1.fastq", 
"SRR1772152_2.fastq"), c("SRR1772153_1.fastq", "SRR1772153_2.fastq"
))

我已经进行了以下尝试，但我的 for 循环没有成功。

for (i in seq(1,36, 2)) {
  for (j in 1:18) {
    unlist(List1[i:i+1]) -> List2[[j]]
  }
}

如有任何帮助或建议，我们将不胜感激。

Answer 1

您可以将其分为两个问题 -- 拆分列表，例如，

elts = split(lst, 1:2)

并连接元素

Map(c, elts[[1]], elts[[2]])

但我认为最好遵循 'tidy' 数据实践并创建具有分组因子的单个向量

df = data.frame(fastq = unlist(x), grp = 1:2, stringsAsFactors = FALSE)

或更具描述性

df = data.frame(
    fastq = unlist(lst),
    sample = factor(sub("_[12].fastq", "", unlist(lst))),
    stringsAsFactors = FALSE
)

最好使用整齐的数据，因为可以做到事半功倍，例如请注意，在使用列表时，您必须了解 split() 和 Map() 以及 c() ，而使用矢量和 data.frames 你不需要！

Answer 2

这是使用数据帧的另一种尝试。输出是一个列表。

library(tidyverse)

data.frame(X1 = unlist(my_list), stringsAsFactors = F) %>% 
  group_by(str_sub(X1,1,10)) %>% # assuming first 10 characters forms the string
  summarise(list_value=list(X1)) %>% 
  pull(list_value)

Answer 3

对于一般情况，您可以创建大小为 j 的连续组向量，其中：

ceiling(seq_along(x) / j)

… 然后使用 tapply() 连接这些组中的所有元素。与使用 Map() 不同，如果块大小不等分列表的长度，这也将起作用。

x <- list("SRR1772151_1.fastq", "SRR1772151_2.fastq", "SRR1772152_1.fastq",
    "SRR1772152_2.fastq", "SRR1772153_1.fastq", "SRR1772153_2.fastq")

tapply(x, ceiling(seq_along(x) / 2), unlist)
#> $`1`
#> [1] "SRR1772151_1.fastq" "SRR1772151_2.fastq"
#> 
#> $`2`
#> [1] "SRR1772152_1.fastq" "SRR1772152_2.fastq"
#> 
#> $`3`
#> [1] "SRR1772153_1.fastq" "SRR1772153_2.fastq"
tapply(x, ceiling(seq_along(x) / 4), unlist)
#> $`1`
#> [1] "SRR1772151_1.fastq" "SRR1772151_2.fastq" "SRR1772152_1.fastq"
#> [4] "SRR1772152_2.fastq"
#> 
#> $`2`
#> [1] "SRR1772153_1.fastq" "SRR1772153_2.fastq"

^{由 reprex package (v0.2.1)}

于 2019-06-12 创建

如何按顺序连接对象列表中的每个第 n:(nth+j) 个对象

How to sequentially concatenate every nth:(nth+j) object in a list of objects

for-loop

r

list

seq