如何从 apply 函数中的 lm 函数中提取 p 值？

Question

我正在对大约 700,000 列重复 lm 函数。我正在使用 apply 函数对数据中的列重复 lm。然后我需要提取所有 pvalues。当我打印 lm 函数的摘要时，pvalue 列在 Pr(>|t|).

下

我试过使用 pvals <- sapply(result,"[[", "p.value") 但结果为 NULL。

这是现在为 3 列打印 lm 摘要的代码（我正在使用较小的文件进行测试）。

result <- apply(dat4[,-c(1:27)], 2, function(x) {
  summary(lm(x ~ total + age + female + diagnosis_MDD + diagnosis_BP))
})
result

这只是一列的输出：

$cg05451842

Call:
lm(formula = x ~ total + age + female + diagnosis_MDD + diagnosis_BP)

Residuals:
      Min        1Q    Median        3Q       Max 
-0.008621 -0.002647  0.001077  0.002979  0.006320 

Coefficients:
                Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)    2.658e-02  3.428e-03   7.753 1.72e-09 
total         -3.603e-04  1.007e-03  -0.358   0.7224    
age           -1.123e-04  6.765e-05  -1.659   0.1049    
female         7.997e-04  1.268e-03   0.631   0.5318    
diagnosis_MDD -3.487e-03  1.534e-03  -2.273   0.0285   
diagnosis_BP  -1.692e-03  1.586e-03  -1.067   0.2926


Signif. codes:  0      0.001      0.01     0.05     0.1     1

Residual standard error: 0.004242 on 40 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.1723,    Adjusted R-squared:  0.06879 
F-statistic: 1.665 on 5 and 40 DF,  p-value: 0.1654

Answer 1

broom 包中的 tidy 函数通过为给定的回归模型生成系数的标准数据框和 p-values 使这更容易一些。您可以通过使用 map_df 迭代整个回归摘要列表和运行 tidy 每个列表元素上的函数：

library(broom)
library(tidyverse)

regression.results = map_df(result, tidy, .id="outcome.var")

如果您只想要 p-values，您可以这样做：

p.values = regression.results %>% select(outcome.var, term, p.value)

或者，一步完成：

p.values = map_df(result, ~tidy(.x) %>% select(term, p.value), 
                  .id="outcome.var")

Answer 2

您正在创建不同对象的列表。您可以通过以下方式调用它们：

result[[i]]

您所要做的就是从中获取 p-value。因为你想要 Pr(>|t|) 你可以得到它们：

result[[i]]$coefficients[c(7,8)]

如何从 apply 函数中的 lm 函数中提取 p 值？

How to extract the p-value from the lm function within the apply function?

r

apply

lm

p-value