直接从 github 加载 .RData

Question

我想从 https://github.com/myaseen208/PakPMICS2018Data/ 加载 PakPMICS2018bh.RData 数据并使用了以下引发错误的代码：

library(RCurl)
PakPMICS2018bhURL <- "https://github.com/myaseen208/PakPMICS2018Data/raw/master/PakPMICS2018bh.RData"
load(url(PakPMICS2018bhURL))

Error in load(url(PakPMICS2018bhURL)) : the input does not start with a magic number compatible with loading from a connection

我想知道我的代码有什么问题。请帮忙。

Answer 1

你可以试试这个：

只需确保您设置了工作目录。

setwd("SET YOUR Working Directory - the file will download here")
working_directory <- getwd()
if (!file.exists("PakPMICS2018bh.RData")) {
  download.file(   "https://github.com/myaseen208/PakPMICS2018Data/raw/master/PakPMICS2018bh.RData",   "PakPMICS2018bhURL.RData")

  load(file.path(working_directory, "PakPMICS2018bhURL.RData"))
  }

Answer 2

问题不在您的代码中，它应该可以正常工作。例如，这通常从 github

加载一个 Rdata 文件

load(url("https://github.com/mawp/spict/raw/master/spict/data/pol.rda"))

您的问题来自于您尝试打开的文件，它们以 R 版本 3.5 中引入的序列化格式 3 保存，使用 save(version = 3)

R has new serialization format (version 3) which supports custom serialization of ALTREP framework objects. These objects can still be serialized in format 2, but less efficiently. Serialization format 3 also records the current native encoding of unflagged strings and converts them when de-serialized in R running under different native encoding. Format 3 comes with new serialization magic numbers (RDA3, RDB3, RDX3). Format 3 can be selected by version = 3 in save(), serialize() and saveRDS(), but format 2 remains the default for all serialization and saving of the workspace. Serialized data in format 3 cannot be read by versions of R prior to version 3.5.0.

编辑

经过更多研究，我认为这是一个错误（或功能？）。对于使用等于 FALSE、TRUE 或 gz 的 compression 参数保存的文件，代码在 R 版本 >= 3.5 中按预期工作。但是对于等于 xz 的压缩，这似乎是你的情况，它不起作用。

有两种选择：使用 gz 压缩保存文件，或者使用@user113156 的回答中的解决方法。

Answer 3

如果可以 read 而不是 load 文件，这对我有用：

readRDS(url("https://.../FILENAME.rda"))

直接从 github 加载 .RData

Directly loading .RData from github

url

load

r

github