在 R 中使用 muscle 的默认间隙惩罚是多少？
What is the default gap penalty using muscle in R?
我正在使用 R 中的 muscle 包来比对多个序列，并且想知道当不包含参数 "gapopen" 时算法应用的间隙惩罚（如果有的话）
c <- muscle::muscle(chroma)
对齐看起来不错，但我想知道 strictly/leniently 间隙是如何插入的
muscle包的文档固然很差，但至少它让我们参考了muscle软件的在线文档。在那里我们找到了关于 gapopen（和其他）参数的默认值的脚注：
Default depends on the profile scoring function. To determine the default, use –verbose –log and check the log file.
因此，要确定给定评分函数的默认值，请重新运行该函数并传递 verbose = TRUE, log = TRUE，然后检查日志文件输出。
我正在使用 R 中的 muscle 包来比对多个序列，并且想知道当不包含参数 "gapopen" 时算法应用的间隙惩罚（如果有的话）
c <- muscle::muscle(chroma)
对齐看起来不错，但我想知道 strictly/leniently 间隙是如何插入的
muscle包的文档固然很差，但至少它让我们参考了muscle软件的在线文档。在那里我们找到了关于 gapopen（和其他）参数的默认值的脚注：
Default depends on the profile scoring function. To determine the default, use
–verbose –logand check the log file.
因此，要确定给定评分函数的默认值，请重新运行该函数并传递 verbose = TRUE, log = TRUE，然后检查日志文件输出。