使用来自另一个文件的信息更改文件

Question

我想使用另一个文件中的信息更改 phylip 文件中的名称。 phylip 只是一串连续的信息，我要更改的名称（例如 aaaaaaabyd）嵌入其中。像这样

((aaaaaaabyd:0.23400159127856412500,(((aaaaaaaaxv:0.44910864993667892753,aaaaaaaagf:0.51328033054009691849):0.06090419044604544752,((aaaaaaabyc:0.11709094683204501752,aaaaaaafzz:0.04488198976629347720):0.09529995111708353117,((aaaaaaadbn:0.34408087090010841536,aaaaaaaafj:0.47991503739434709930):0.06859184769990583908,((aaaaaaaabk:0.09244297511609228524,aaaaaaaete:0.12568841555837687030):0.28431

（没有换行）

里面的名字像aaaaaaaabk。

另一个文件的信息更改为，与另一个文件中的信息一样，

aaaaaaaabk;Ciona savignyi
aaaaaaaete;Homo sapiens
aaaaaaaafj;Cryptosporidium hominis
aaaaaaaaad;Strongylocentrotus purpuratus
aaaaaaabyd;Theileria parva
aaaaaaaaaf;Plasmodium vivax

我已经尝试了很多东西，但这是我得到的最接近的东西。问题是它只做一个，并没有打印出 phylip 文件的其余部分。我需要去 ((Theileria parva:0.23400159127856412500 等

open(my $tree, "$ARGV[0]") or die "Failed to open file: $!\n";
open(my $csv,  "$ARGV[0]") or die "Failed to open file: $!\n";
open(my $new_tree, "> raxml_tree.phy");

# Declare variables
my $find;
my $replace;
my $digest;

# put the file of the tree into string variable
my $string = <$tree>;

# open csv file
while (my $line = <$csv>) {

    # aaaaaaaaaa;Ciona savignyi

    if ($line =~ m/(\w+)\;+(\w+\s+\w*)/) {
        $find    = ;
        $replace = ;
        $string =~ s/$find/$replace/g;
    }
}
print $new_tree "$string";

close $tree;
close $csv;
close $new_tree;

Answer 1

关于您自己的代码的一些指南

问题几乎可以肯定是您打开同一个文件 $ARGV[0] 两次。大概一个应该是`$ARGV[1]
你必须总是use strict和use warnings在每个Perl的顶部您编写的程序（除非 use strict 到位，否则声明变量几乎没有意义）并使用 my 声明所有变量，尽可能接近它们的第一个使用点。一开始就在一个块中声明所有变量是一种不好的形式，因为它使它们都有效地成为全局变量，并且您失去了声明词法变量的大部分优势

你应该使用open的三参数形式，最好将文件名放在die字符串中，这样你就可以看看哪个失败了。所以

open(my $tree, "$ARGV[0]") or die "Failed to open file: $!\n";

变成

open my $tree, '<', $ARGV[0] or die qq{Failed to open "$ARGV[0]" for input: $!\n};

您应该寻找更简单的解决方案，而不是每次都应用正则表达式方法。 $line =~ m/(\w+)\;+(\w+\s+\w*)/ 比 chomp、split /;/
当你只需要变量的值时，你不应该在变量周围使用双引号，所以 print $new_tree "$string" 应该是 print $new_tree $string

而不是尝试使用 其他文件 中的数据（请尝试为您的问题中的项目使用有用的名称，因为在编写时很难知道如何称呼它们一个解决方案）最好构建一个包含所有翻译的散列

这个程序会按照你的要求去做。它构建了一个由所有哈希键的交替组成的正则表达式，然后将该模式的所有出现转换为其对应的名称。仅翻译样本 其他文件 中的名称：其他保留原样

use strict;
use warnings;
use 5.014;  # For non-destructive substitution
use autodie;

my %names;
open my $fh, '<', 'other_file.txt';
while ( <$fh> ) {
  my ($k, $v) = split /;/, s/\s+\z//r;
  $names{$k} = $v;
}

open $fh, '<', 'phylip.txt';
my $data = <$fh>;
close $fh;

my $re = join '|', sort { length $b <=> length $a } keys %names;
$re = qr/(?:$re)/;
$data =~ s/\b($re)\b/$names{}/g;

print $data;

输出

((Theileria parva:0.23400159127856412500,(((aaaaaaaaxv:0.44910864993667892753,aaaaaaaagf:0.51328033054009691849):0.06090419044604544752,((aaaaaaabyc:0.11709094683204501752,aaaaaaafzz:0.04488198976629347720):0.09529995111708353117,((aaaaaaadbn:0.34408087090010841536,Cryptosporidium hominis:0.47991503739434709930):0.06859184769990583908,((Ciona savignyi:0.09244297511609228524,Homo sapiens:0.12568841555837687030):0.28431

更新

这是您自己的程序的修订版，考虑了以上几点并修复了错误

use strict;
use warnings;

open my $tree_fh, '<', $ARGV[0] or die qq{Failed to open "$ARGV[0]" for input: $!\n};
my $string = <$tree_fh>;
close $tree_fh;

open my $csv_fh,  '<', $ARGV[1] or die qq{Failed to open "$ARGV[1]" for input: $!\n};
while ( <$csv_fh> ) {
    chomp;
    my ($find, $replace) = split /;/;
    $string =~ s/$find/$replace/g;
}
close $csv_fh;

open my $new_tree_fh, '>', 'raxml_tree.phy' or die qq{Failed to open "raxml_tree.phy" for output: $!\n};
print $new_tree_fh $string;
close $new_tree_fh;

使用来自另一个文件的信息更改文件

Alter a file using information from another file

format

perl

file

alter

phylogeny