亨斯菲尔德单位可以转移吗？

Question

我正在从 LIDC 数据库中进行一些胸部扫描，我正在尝试对它们应用迭代（最佳）阈值以提取肺部区域。尽管许多研究人员使用相同的数据库，但他们使用初始阈值（或大约 -500）。我引用

The HU values in each Lung CT scan range from +2000 to -2000HU. The lung area is a low density area ranging from -1000 to -450HU, called non-body area.

我为此目的使用 Matlab，我的扫描有不同的范围，问题是，没有一个的肺面积在（-1000 到 -450HU）范围内（或至少在我的范围内）知道），所有区域范围都是从0到0以上除了边缘区域（扫描机产生的区域）。

如何使这些扫描具有正常范围（移动 hounsfield 单位或其他东西）以便我在 window 的肺（宽度为 1500，中心为 -500）下正常工作？

扫描示例： Here's a Dicom slice with the properties below:

寡妇中心：-600
Window宽度：1600
重新缩放截距：-1024
最小值：-1024
最大值：+4095

我正在使用函数 dicomreadVolume 读取扫描：

% Read the scan volume: (the result will be in 4D )
[V,s,d] = dicomreadVolume(fullfile('scan folder...'));

% Convert into 3D:
V2 = squeeze(V);

% display the slice number 83
imtool(V2(:, :, 83));

Answer 1

查看直方图，函数 dicomreadVolume() 似乎没有考虑 Rescale Slope 和 Rescale Intercept。我假设图像的像素表示 (0028, 0103) 为 0（= 无符号整数）。

所以实际上，您不是在 Matlab 中处理 HU，而是在处理原始像素值。向 HU 的变换是通过对每个像素应用线性变换来实现的。线性变换由 Rescale Intercept (0028,1052) 和 Rescale Slope (0028,1053) 定义：

<pixel value in HU> := RescaleIntercept + RescaleSlope * <untransformed pixel value>

我强烈建议采用这种方式，而不是通过从特定图像获得的某个随机值来移动范围。这是因为 HU 在扫描的所有图像中都有效。

Answer 2

添加到 kritzel_sw 的答案中，您可以使用 dicominfo 函数访问 MATLAB 中的任何重新缩放斜率和重新缩放截距，该函数提供对大多数 dicom 标签的访问：

files = fullfile('scan folder...')

% Read all meta information (dicom tags)
metaInfo = dicominfo(files{1});

% Read the scan volume: (the result will be in 4D )
[V,s,d] = dicomreadVolume();
V = metaInfo.RescaleIntercept + metaInfo.RescaleSlope * squeeze(V);

这将正确地重新缩放像素值。对于一致的 dicom 堆栈，重新缩放截距和斜率应该相同，但是如果您想确保可以遍历所有切片（文件）并比较值或将它们应用于体积 V 的相应 z 切片。

亨斯菲尔德单位可以转移吗？

Can Hounsfield Units be shifted?

matlab

image-processing

dicom