使用 MICE 导出多个估算对象

Question

我正在使用鼠标来估算我丢失的数据。这里的问题是完成插补需要一两个小时。因此，当它完成估算时，我想将其导出以供将来使用，这样我就可以避免重复耗时的估算过程，以防我必须重新访问分析。

我在 Google 上搜索过，找到了一个函数 miceadds::write.mice.imputation。我看过手册。它提供了一个导出示例，但我不确定如何将其导入回来。它似乎生成了一些 .dat 文件。

假设我有以下代码：

# Model 1: Imputation using mice  
imp1 <- mice::mice( nhanes, m=3, maxit=5 )  
# write results 
write.mice.imputation(mi.res=imp1, name="mice_imp1" )

Answer 1

如果您在使用 write.mice.imputation 时注意到，它的默认值是将您的估算数据保存在各种类型的文件（csv、spss、dat、Rdata）中。

我们可以创建一个示例数据： set.seed(1) df <- data.frame(group = sample(c(1:5, NA), replace = TRUE, size = 10), val = sample(c(10:15, NA), replace = TRUE, size = 10))

加载并估算我们的数据：

require(mice)
require(miceadds)
imp1 <- mice::mice(df, m=3, maxit=5 )

写下我们的结果：

write.mice.imputation(mi.res=imp1, name="mice_imp1", 
                      include.varnames=TRUE,
                      long=TRUE, mids2spss=TRUE,
                      spss.dec=",", dattype=NULL)

现在，我们可以加载您喜欢的任何文件类型。例如，dat 文件：

oldData <- read.table("mice_imp1/mice_imp1__LONG.dat")

Answer 2

est_long <- parlmice(nhanes, cluster.seed = 123, print = FALSE, n.core = 4, n.imp.core = 100) %>%
  mice::complete("long")

给予

head(est_long)
  .imp .id age  bmi hyp chl
1    1   1   1 22.0   1 131
2    1   2   2 22.7   1 187
3    1   3   1 27.2   1 187
4    1   4   3 27.2   2 284
5    1   5   1 20.4   1 113
6    1   6   3 20.4   1 184

您可以通过将长数据集分解为 400 个数据集的列表来跟进。

    est_long <- parlmice(nhanes, cluster.seed = 123, print = FALSE, n.core = 4, n.imp.core = 100) %>%
      mice::complete("long")%>%
  group_by(.imp) %>% 
  nest()  
head(est_long)
# A tibble: 6 x 2
# Groups:   .imp [6]
   .imp data                 
  <int> <list>               
1     1 <tibble[,5] [25 × 5]>
2     2 <tibble[,5] [25 × 5]>
3     3 <tibble[,5] [25 × 5]>
4     4 <tibble[,5] [25 × 5]>
5     5 <tibble[,5] [25 × 5]>
6     6 <tibble[,5] [25 × 5]>

使用 MICE 导出多个估算对象

Exporting multiple imputed objects with MICE

r

imputation

r-mice