如何修复此 python %s 占位符排列

Question

我需要遍历输入文件对，R1 和 R2，它们将一起处理，每个文件都附加一个“。 trim" 文件扩展名。

我对 python 和 glob 的了解有限，它们在使用成对输入但单一输出的类似任务中效果很好。我完全不知道为什么这不起作用，尽管我确信这是一个简单的修复。

#!/usr/bin/python
import glob
import os
files = glob.glob("ATAC*R1*.fastq.gz")
for ifile in files:
        os.system("cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o %s.trim -p %s.trim %s %s" % (ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2"))

Error: 
 line 7

                                                                                                                                                                                            ^
SyntaxError: invalid syntax

这应该按如下方式工作：

ATAC2-1_R1_.fastq.gz and ATAC2-1_R1_.fastq.gz -> ATAC2-1_R1_.fastq.gz.trim and ATAC2-1_R1_.fastq.gz.trim.

我想迭代几个 R1 和 R2 对 through.Thanks 寻求帮助！

Answer 1

我不会尝试使用 %s 占位符来执行此操作，而是尝试使用 .format()，如下所示：

"cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o {0}.trim -p {1}.trim {2} {3}".format(ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2"))

Answer 2

唯一的问题是您缺少结尾括号：

    os.system("cutadapt -a CTGTCTCTTATACACATCT -A CTGTCTCTTATACACATCT -a AGATGTGTATAAGAGA -o %s.trim -p %s.trim %s %s" % (ifile, ifile.replace("R1","R2"), ifile, ifile.replace("R1","R2")))

您只需添加结束括号，您就不会再遇到语法错误了。

如何修复此 python %s 占位符排列

How to fix this python %s placeholder arrangement

python

placeholder