如何使用变量在 R 中指定输出文件名？

Question

我正在尝试编写一个 Rscript 到运行系统发育学包 ape 以运行在许多输入文件上使用相同的命令，并为每个文件生成一个输出文件，并修改版本原始文件名。

这是我尝试使用的代码：

library(ape)
setwd("/home/wirenia/phylogenomics_projects/Monoplacophora    /2014-09-10_Monoplacophora_fixed_alicut/pruned/OGs_with_LANT/manually_cleaned_alignments/2019-06-19_IQ-TREE_single-gene_trees/")
for (x in list.files(pattern="*.treefile")) {
tree <- read.tree(x)
tree$node.label <- NULL
write.tree(tree, file = x'.nobootstraps.tre')
}

问题显然在 write.tree 行，但我不知道如何解决。这是我收到的错误消息：

Rscript remove_bootstrap_support_values_from_newick_trees.r
Error: unexpected string constant in:
"tree$node.label <- NULL
write.tree(tree, file = tree'.nobootstraps.tre'"
Execution halted

如有任何帮助，我们将不胜感激。

谢谢！

Answer 1

我相信你需要：

write.tree(tree, file = paste(x, '.nobootstraps.tre'))

而不是你的

write.tree(tree, file = x'.nobootstraps.tre'

R 无法像您尝试的那样连接字符串 stringvariable"stringliteral"

如果您以后有更多与生物信息学相关的问题，我建议转到 https://bioinformatics.stackexchange.com/，我想您会在那里得到更快的答复。

如何使用变量在 R 中指定输出文件名？

How to use a variable to specify an output file name in R?

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