Perl 无法定位内联 C 模块："Had problems bootstrapping Inline module"

Question

尝试运行 Perl 脚本时出现以下错误。脚本来自这个包：https://github.com/aquaskyline/LRSIM

$ perl simulateLinkedReads.pl
Had problems bootstrapping Inline module 'simulateLinkedReads_pl_4e0722f'

Can't locate loadable object for module simulateLinkedReads_pl_4e0722f in @INC (@INC contains: [some long path]/_Inline/lib /home/olavur/perl5/lib/perl5/5.22.1/x86_64-linux-gnu-thread-multi /home/olavur/perl5/lib/perl5/5.22.1 /home/olavur/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-gnu-thread-multi /home/olavur/perl5/lib/perl5 /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22.1 /usr/local/share/perl/5.22.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.22 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.22 /usr/share/perl/5.22 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base .) at /usr/local/share/perl/5.22.1/Inline.pm line 541.


at simulateLinkedReads.pl line 0.
INIT failed--call queue aborted.

所以它正在寻找 simulateLinkedReads_pl_4e0722f "inline" 模块，它似乎位于此处：

[some long path]/_Inline/lib/auto/simulateLinkedReads_pl_4e0722f/simulateLinkedReads_pl_4e0722f.inl

@INC 路径包含 [some long path]/_Inline/lib。它不应该包含[some long path]/_Inline/lib/auto吗？

所以，我不知道错误是来自我的 Perl 设置，我的 LRSIM 包的 installation/build，还是 LRSIM 的源代码中的错误。

我完全不懂 Perl，但我试图在此处包含一些有关我的 Perl 设置的信息（注意有两个文件，"Perl modules" 和 "Perl configuration"）： https://gist.github.com/olavurmortensen/00b2baa61399a5b7c39bca323dbf0233

使用 perl -V 获取一些配置信息，使用 perl -e 'print qx/find $_ -name "*.pm"/ foreach ( @INC );' 获取已安装的模块。

如有任何帮助，我们将不胜感激。

编辑：

根据@melpomene 的建议，我运行 strace -f -o trace.log perl LRSIM/simulateLinkedReads.pl 并在此处上传了轨迹：

https://gist.github.com/olavurmortensen/eca66135486899beccf8610667241451

编辑：

更新跟踪，因为它不完整： https://gist.github.com/olavurmortensen/eca66135486899beccf8610667241451

Answer 1

您的 strace 日志 make 的第 24093 行附近说了一些关于 Clock skew detected 的内容。也许问题与脚本在 (/mnt/fargen/experiments/...) 上运行的文件系统有关？

make 依靠准确的时间戳来确定哪些文件需要更新并安排其操作。如果时间戳错误，文件可能构建不正确或根本不构建。

之所以涉及 make 是因为在幕后 Inline::C 提取了嵌入式 C 代码并为其创建了一个 ad-hoc Perl 模块，包括一个 XS 文件，Makefile.PL，以及整台机器。然后它调用 perl Makefile.PL && make && make install，它应该创建一个 .so 文件并将其复制到 perl 可以加载它的位置（这个 .so 文件是 可加载对象 错误信息中提到）。

Perl 无法定位内联 C 模块："Had problems bootstrapping Inline module"

Perl can't locate inline C module: "Had problems bootstrapping Inline module"

c

linux

perl

inline