Scipy 中的未定义符号和 RedHat 上的 Scikit-learn
Undefined symbols in Scipy and Scikit-learn on RedHat
我正在尝试在没有 root 权限的 64 位 Red Hat Enterprise 6.6 服务器上安装 Scikit-Learn。我已经完成了 Python 2.7.9、Numpy 1.9.2、Scipy 0.15.1 和 Scikit-Learn 0.16.1 的全新安装。服务器上安装的Atlas BLAS是3.8.4.
我可以安装 scikit-learn，但是当我尝试在 Python 中导入它时，我得到
File "<pyinstall>/site-packages/scipy/parse/linalg/isolve/_iterative.so: undefined symbol: slamch_"
同样，当我运行
>>> import scipy; scipy.test()
我收到 16 个错误，其中 14 个是以下未定义符号的导入错误：
scipy/cluster/_vq.so: undefined symbol _gfortran_st_write_donescipy/special/_ufuncs.so: undefined symbol dstevr_scipy/linalg/_fblas.so: undefined symbol csyr_scipy/lib/blas/fblas.so: undefined symbol slamch_scipy/lib/lapack/flapack.so: undefined symbol sgbsv_scipy/spatial/qhull.so: undefined symbol _gfortran_st_write_done
我的研究
我发现的几个消息来源表明，由于在编译 BLAS/LAPack 库和 scipy 时 Fortran 编译器不匹配，因此会出现此类问题，例如this mail exchange 和 2007 年的另一个（未 link 编辑，因为我的声誉不够高，无法包含另一个 link；它引用了 _gfortran_st_write_done 符号）。但是，BLAS 构建是在仅安装了 gfortran（没有 g77 或 Intel 编译器）的服务器上完成的，我重新编译 scipy 以显式使用 gfortran。
scipy安装说明中也提到Atlas BLAS自带的LAPACK版本并不是完整的实现，并说如果安装的LAPACK缺少一些功能可能会出现ImportErrors。所以，我按照说明 here 安装了完整版的 LAPACK 3.5.0，也是用 gfortran 编译的。然后我重新编译 scipy 和 sklearn 指向更新的库，并收到相同的导入错误。
我的问题
除了不匹配的 Fortran 编译器之外，还有什么可能导致这些错误吗？或者，我需要重新编译另一个库吗？
感谢 Andreas Mueller for the tip: doing a local install of anaconda 我拥有的目录解决了编译问题。
我正在尝试在没有 root 权限的 64 位 Red Hat Enterprise 6.6 服务器上安装 Scikit-Learn。我已经完成了 Python 2.7.9、Numpy 1.9.2、Scipy 0.15.1 和 Scikit-Learn 0.16.1 的全新安装。服务器上安装的Atlas BLAS是3.8.4.
我可以安装 scikit-learn，但是当我尝试在 Python 中导入它时，我得到
File "<pyinstall>/site-packages/scipy/parse/linalg/isolve/_iterative.so: undefined symbol: slamch_"
同样，当我运行
>>> import scipy; scipy.test()
我收到 16 个错误，其中 14 个是以下未定义符号的导入错误：
scipy/cluster/_vq.so: undefined symbol _gfortran_st_write_donescipy/special/_ufuncs.so: undefined symbol dstevr_scipy/linalg/_fblas.so: undefined symbol csyr_scipy/lib/blas/fblas.so: undefined symbol slamch_scipy/lib/lapack/flapack.so: undefined symbol sgbsv_scipy/spatial/qhull.so: undefined symbol _gfortran_st_write_done
我的研究 我发现的几个消息来源表明，由于在编译 BLAS/LAPack 库和 scipy 时 Fortran 编译器不匹配，因此会出现此类问题，例如this mail exchange 和 2007 年的另一个（未 link 编辑，因为我的声誉不够高，无法包含另一个 link；它引用了 _gfortran_st_write_done 符号）。但是，BLAS 构建是在仅安装了 gfortran（没有 g77 或 Intel 编译器）的服务器上完成的，我重新编译 scipy 以显式使用 gfortran。
scipy安装说明中也提到Atlas BLAS自带的LAPACK版本并不是完整的实现，并说如果安装的LAPACK缺少一些功能可能会出现ImportErrors。所以，我按照说明 here 安装了完整版的 LAPACK 3.5.0，也是用 gfortran 编译的。然后我重新编译 scipy 和 sklearn 指向更新的库，并收到相同的导入错误。
我的问题 除了不匹配的 Fortran 编译器之外，还有什么可能导致这些错误吗？或者，我需要重新编译另一个库吗？
感谢 Andreas Mueller for the tip: doing a local install of anaconda 我拥有的目录解决了编译问题。