计算任意两个节点之间的无向边

Question

我正在尝试生成一个边缘列表以馈入 R 的 igraph 绘图函数，这要求我生成一个 data.frame' objective，其中包含代表 "from"节点和"to"节点，其他列作为边缘属性。

因为这里只对无向图感兴趣，所以我需要生成一个包含两列的数据框，其中包含任意两个节点的唯一组合（无顺序），并生成它们之间所有边的总和（同样，无向） .

我引用了一些较早的线程，但似乎无法解决计数问题，因为大多数代码将 A --> B 和 B <-- A 视为不同的对，例如：

library(igraph)
# generate 7 edge pairs
ee <- c("A", "B", "B", "A", "C", "A", "C", "D", "D", "E", "A", "E", "A", "C")
# convert to igraph object
g <- graph(ee)

# count edges

edge.count <- function(g){
     D <- data.frame(get.edgelist(g))  # convert to data frame
     ones <- rep(1, nrow(D))   # a column of 1s
     result <- aggregate(ones, by = as.list(D), FUN = sum)
     names(result) <- c("from", "to", "count")
     result
} 

count <- edge.count(g)

count
  from to count
1    B  A     1
2    C  A     1
3    A  B     1
4    C  D     1
5    A  E     1
6    D  E     1
7    A  C     1

但我想要的输出应该有对 {B, A} 和 count 2 和对 {C, A} 与 count 2，因为它们被视为与对相同无向图中的 {A, B} 和 {A, C}。

有人可以推荐任何解决方法吗？

Answer 1

您可以将 graph() 替换为 make_undirected_graph():

g <- make_undirected_graph(ee)

获得：

  from to count
1    A  B     2
2    A  C     2
3    C  D     1
4    A  E     1
5    D  E     1

甚至通过：

g <- graph(ee, directed = FALSE)

计算任意两个节点之间的无向边

Counting undirected edges between any two nodes

r

igraph

undirected-graph

edge-list