R Circlize，带空扇区的弦图

Question

我正在尝试使用 R 中的 circlize 包创建和弦图。我想包括没有流出的扇区（没有从它们发出的链接）。有没有办法：

强制程序报告我的数据框中的行，即使该行中只有零。
抑制自循环。（小插图要求您在对角线上输入零来执行此操作，但随后我们又回到了第一个问题。）

我附上了我的代码。

chordDiagram(mat, symmetric = TRUE, keep.diagonal = TRUE, order = union(rownames(mat), colnames(mat)),
             directional = FALSE, annotationTrack = "grid", preAllocateTracks = list(
               list(track.height = 0.05),
               list(track.height = 0.05))
)

这是一些示例数据。

    a.1 a.2 a.3 a.4 a.5 a.6 a.7 a.8 a.9
a.1 1   0   0   0   1   0   0   0   0
a.2 0   1   0   0   0   0   0   1   0
a.3 0   0   1   0   0   0   0   0   0
a.4 0   0   0   1   0   0   0   0   0
a.5 1   0   0   0   1   0   0   0   0
a.6 0   0   0   0   0   1   0   0   1
a.7 0   0   0   0   0   0   1   0   1
a.8 0   1   0   0   0   0   0   1   1
a.9 0   0   0   0   0   1   1   1   1

Answer 1

既然那个扇区没有link，你怎么定义那个扇区的宽度？

无论如何，您可以通过为该向量分配一些值并使用完全透明的颜色绘制 link 来添加 'empty' 扇区。

> mat = matrix(c(5, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 3, 2), 3)
> colnames(mat) = letters[1:3]
> rownames(mat) = letters[1:3]
> mat
  a b c
a 5 0 0
b 0 2 3
c 0 3 2

> col = matrix(rand_color(9), 3)
> col[1, 1] = "#FFFFFF00"
> chordDiagram(mat, col = col)

R Circlize，带空扇区的弦图

R Circlize, Chord graph with empty sectors

r

plot

circos

circlize