在 R 中绘制 pheatmap 时如何重新排序簇叶（列）？

Question

我正在绘制一组 15 个样本，分为 A、B、C 三组，热图将它们排序为 C、A、B。（我读过这是因为它绘制在右侧具有最强相似性的簇）。我想对簇进行排序，以便簇的叶子被视为 A、B、C（因此重新组织簇分支的顺序。是否有函数可以帮助我做到这一点？

我用过的代码：

library(pheatmap)

pheatmap(mat, annotation_col = anno, 
    color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(50), show_rownames = F)

(cluster_cols=FALSE 根本不会对样本进行聚类，但这不是我想要的)

我也在另一个论坛上找到了这个，但我不确定如何更改功能代码以及它是否适合我：

clustering_callback callback function to modify the clustering. Is called with two parameters: original hclust object and the matrix used for clustering. Must return a hclust object.

Answer 1

您好，我不确定这是否对您有帮助，但是当您检查?pheatmap 并向下滚动到示例时，最后一段代码确实给出了该示例。

# Modify ordering of the clusters using clustering callback option
callback = function(hc, mat){
    sv = svd(t(mat))$v[,1]
    dend = reorder(as.dendrogram(hc), wts = sv)
    as.hclust(dend)
}

pheatmap(test, clustering_callback = callback)

我在我的热图上试过了，之前定义的函数实际上按照我需要的方式对集群进行了排序。尽管我不得不承认（因为我是 R 的新手）我并不完全理解定义的 callback 函数的作用。

也许你也可以用 dendsortpackage 写一个函数，据我所知你可以用它重新排列树状图的分支。

Answer 2

# install.packages("dendsort")
library(dendsort)

sort_hclust <- function(...) as.hclust(dendsort(as.dendrogram(...)))

cluster_cols=sort_hclust(hclust(dist(mat)))

Answer 3

在这种情况下，幸运的是列的聚类与样本编号顺序一致（类似于树状图）所以我添加了 cluster_cols = FALSE 并解决了重新聚类列的问题（并避免编写回调函数。

pheatmap(mat, 
         annotation_col = anno, 
         fontsize_row = 2, 
         show_rownames = T, 
         cutree_rows = 3, 
         cluster_cols = FALSE)

在 R 中绘制 pheatmap 时如何重新排序簇叶（列）？

How to reorder cluster leaves (columns) when plotting pheatmap in R?

r

pheatmap