如何在知道簇数的情况下在 cutree() 中获取树的高度
How to obtain the height of tree in cutree() knowing the number of clusters
我正在使用层次聚类对我的数据进行分类。
我想定义最佳簇数。为此，我们的想法是可视化一个图形，其中 x 轴是聚类的数量，y 轴是树状图中树的高度。
为此，当指定簇数K时，我需要知道树的高度，例如如果K=4，我需要知道命令后树的高度
cutree(hclust(dist(data), method = "ward.D"), k = 4)
有人可以帮忙吗？
高度存储在 hclust 对象中。由于您没有提供任何数据，我将以 built-in 鸢尾花数据进行说明。
HC = hclust(dist(iris[,1:4]), method="ward.D")
sort(HC$height)
<reduced output>
[133] 1.8215623 1.8787489 1.9240172 1.9508686 2.5143038 2.7244855
[139] 2.9123706 3.1111893 3.2054610 3.9028695 4.9516315 6.1980126
[145] 9.0114060 10.7530460 18.2425079 44.1751473 199.6204659
最大值为第一次分割的高度。第二大是第二次分裂，等等。
你可以看到这通过绘图给出了你需要的高度。
plot(HC)
abline(h=10.75,col="red")
可以看到第四大的高度和第四个分裂的高度相匹配。
我正在使用层次聚类对我的数据进行分类。
我想定义最佳簇数。为此，我们的想法是可视化一个图形，其中 x 轴是聚类的数量，y 轴是树状图中树的高度。
为此，当指定簇数K时，我需要知道树的高度，例如如果K=4，我需要知道命令后树的高度
cutree(hclust(dist(data), method = "ward.D"), k = 4)
有人可以帮忙吗？
高度存储在 hclust 对象中。由于您没有提供任何数据，我将以 built-in 鸢尾花数据进行说明。
HC = hclust(dist(iris[,1:4]), method="ward.D")
sort(HC$height)
<reduced output>
[133] 1.8215623 1.8787489 1.9240172 1.9508686 2.5143038 2.7244855
[139] 2.9123706 3.1111893 3.2054610 3.9028695 4.9516315 6.1980126
[145] 9.0114060 10.7530460 18.2425079 44.1751473 199.6204659
最大值为第一次分割的高度。第二大是第二次分裂，等等。 你可以看到这通过绘图给出了你需要的高度。
plot(HC)
abline(h=10.75,col="red")
可以看到第四大的高度和第四个分裂的高度相匹配。