奇点容器 - 在单独的分区中绑定文件夹

Question

我在没有 root 权限的高性能集群上有一个私人组项目文件夹（我们称之为 data_dir）。该文件夹位于单独的分区中。
我有一个奇点容器，我需要在其中访问 data_dir。官方documentation says -B flag是绑定路径的，但是我无法使用-B访问容器内的文件夹。这是我到目前为止尝试过的：

XXXXXX  login1[~/work/subcam] master ⦿ ➜  readlink data
/gpfs/projects/oceanvideo/data
XXXXXX  login1[~/work/subcam] master ⦿ ➜  singularity run -B $(readlink data):$(pwd)/data container.sif
WARNING: skipping mount of /local_scratch: no such file or directory

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You are running this container as user with ID 21530 and group 21500,
which should map to the ID and group for your user on the Docker host. Great!

tf-docker ~/work/subcam > cd data
bash: cd: data: No such file or directory
tf-docker ~/work/subcam > cd /gpfs/
tf-docker /gpfs > ls
work
tf-docker /gpfs > cd projects
bash: cd: projects: No such file or directory

如何使用容器访问 data_dir？

Answer 1

-B是在容器中挂载目录的正确方式。几个选项：

如果 /gpfs/projects/oceanvideo/data 本身是一个符号链接，它不会在容器内解析并给出错误代码。 readlink 只会解决一个级别。找到原始的 non-linked 路径并将其与 -B.
如果不是这样，运行和 singularity -vv run ... 看看是否有更多关于为什么目录没有被挂载的信息。
确保 the cluster allows user binds

奇点容器 - 在单独的分区中绑定文件夹

Singularity container - Binding a folder in a seperate partition

singularity-container