R中多维数据簇的可视化

Visualization of multi-dimensional data clusters in R

对于一组文档,我有一个大小为 30 X 32 的特征矩阵,其中行代表文档,列代表特征。所以基本上每个文档有 30 个文档和 32 个特征。在 运行 一个 PSO 算法之后,我已经能够找到一些簇质心(我现在不确定它们是否是最佳的)每个都是长度为 32 的行向量。我有一个列向量大小为 30X1,显示每个文档已分配到的质心。因此,该向量的索引之一将包含已分配文档 1 的质心的索引,依此类推。这是在计算每个文档与质心的欧氏距离之后获得的。我想获得一些关于 R 中是否有方法以簇的形式绘制此多维数据的提示。例如,有没有一种方法可以将这些维度折叠成一维,或者以某种方式将它们显示在可能看起来有点漂亮的图表中。我一直在阅读多维缩放。到目前为止,我对它的理解是,它是一种将多维数据减少到较低维度的方法,这看起来确实是我想要的。所以,我用这段代码试了一下(质心 [[3]] 基本上由 4 X 32 矩阵组成并代表 4 个质心):

   points <- features.dataf[2:ncol(features.dataf)]
row.names(points) <- features.dataf[,1]

fit <- cmdscale(points, eig = TRUE, k = 2)
x <- fit$points[, 1]
y <- fit$points[, 2]
plot(x, y, pch = 19, xlab="Coordinate 1", ylab="Coordinate 2", main="Clustering Text Based on PSO", type="n")
text(x, y, labels = row.names(points), cex=.7)

它给我这个错误:

Error in cmdscale(pointsPlusCentroids, eig = TRUE, k = 2) : 
  distances must be result of 'dist' or a square matrix

不过,剧情好像还行。但是 pch = 19 点符号没有出现,只是文本名称。像这样:

除上述内容外,我还想对这些进行着色,以便将位于群集 1 中的文档着色为一种颜色,将位于群集 2 中的文档着色为另一种颜色,依此类推。如果我有一个以这种方式存在质心的列向量,有什么办法可以做到这一点:

     [,1]
 [1,]    1
 [2,]    3
 [3,]    1
 [4,]    4
 [5,]    1
 [6,]    4
 [7,]    3
 [8,]    4
 [9,]    4
[10,]    4
[11,]    2
[12,]    2
[13,]    2
[14,]    2
[15,]    1
[16,]    2
[17,]    1
[18,]    4
[19,]    2
[20,]    4
[21,]    1
[22,]    1
[23,]    1
[24,]    1
[25,]    1
[26,]    3
[27,]    4
[28,]    1
[29,]    4
[30,]    1

有人可以帮我解决这个问题吗?或者是否有任何其他方法来绘制像这样的多维集群。谢谢!

由于 cmdscale 需要距离,请尝试 cmdscale(dist(points), eig = TRUE, k = 2)。由于type = "n",符号没有出现。要为文本着色,请使用:text(x, y, rownames(points), cex = 0.6, col = centroids)