如何从 R 中的分组数据框中获取边列表（无向图）？

Question

我创建了一个网络，人们可以在其中连接到特定事件（事件 1 的参与者连接到节点 "event1"）。

我想知道是否可以删除节点 "event" 并直接 link 将参与该事件的人员聚集在一起。

我过去曾使用 Excel 处理原始数据，做过类似的事情。我想知道在不离开 R 的情况下是否有更快更好的方法。

数据集如下所示：

net1
from        to 
Person 1   Event1 
Person 2   Event1 
Person 3   Event2
Person 4   Event2 
Person 5   Event2 
Person 6   Event3
...

例如，我想删除 "Event1" 并将 Person1 和 Person2 连接在一起。

如果我不能提供更好的代码，我很抱歉。但是不知道从何入手才能这样操作

Answer 1

我们可以使用 tidyverse 来做到这一点。

group_split 和 keep = FALSE 参数将数据帧按 to 列拆分为数据帧列表，同时删除输出中的分组变量。
map_dfr 通过查找 from 和自身的所有组合（如 expand.grid）来扩展每个数据帧。 _dfr表示输出列表将row-bind组成dataframe
pmap_dfr 对数据帧的每一行进行操作，并水平排序 (sort(c(...)))。需要 set_names 来排列排序后的列。 tibble(!!! 将排序后的向量拼接成 tibble 的一行，有效地将其变成行向量。
filter 和 distinct 分别删除 self-loops 和重复链接。

请注意，group_split 和 group_map 目前都是实验性功能。请谨慎使用。

library(tidyverse)

net1 %>%
  group_by(to) %>%
  group_split(keep = FALSE) %>%
  map_dfr(expand, crossing(from, to = from)) %>%
  pmap_dfr(~ tibble(!!!sort(c(...)) %>% set_names(c("from", "to")))) %>%
  filter(from != to) %>%
  distinct()

或 group_map:

net1 %>%
  group_by(temp = to) %>%
  group_map(~ expand(.x, crossing(from, to = from))) %>%
  ungroup() %>%
  select(-temp) %>%
  pmap_dfr(~ tibble(!!!sort(c(...)) %>% set_names(c("from", "to")))) %>%
  filter(from != to) %>%
  distinct()

或 inner_join:

net1 %>%
  inner_join(net1, by = "to") %>%
  select(from = from.x, to = from.y) %>%
  pmap_dfr(~ tibble(!!!sort(c(...)) %>% set_names(c("from", "to")))) %>%
  filter(from != to) %>%
  distinct()

我们也可以用graph_from_data_frame代替pmap_dfr到return一个无向图（一定要在[=74之前加载igraph =]加载tidyverse，否则，你可能会得到一些意想不到的错误）：

library(igraph) library(tidyverse) net1 %>% inner_join(net1, by = "to") %>% select(from = from.x, to = from.y) %>% igraph::graph_from_data_frame(directed = FALSE) %>% igraph::as_data_frame(what = "edges") %>% filter(from != to) %>% distinct()

输出：

# A tibble: 4 x 2 from to <chr> <chr> 1 Person_1 Person_2 2 Person_3 Person_4 3 Person_3 Person_5 4 Person_4 Person_5

数据：

net1 <- structure(list(from = c("Person_1", "Person_2", "Person_3", "Person_4", "Person_5", "Person_6"), to = c("Event1", "Event1", "Event2", "Event2", "Event2", "Event3")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -6L))

如何从 R 中的分组数据框中获取边列表（无向图）？

How to get an edge list (undirected graph) from a grouped dataframe in R?

r

edges

nodes

network-analysis