调用 'mkfifo' 时 C++ 程序挂起 (Lustre FS)

Question

我正在运行C++ 程序 STAR (https://github.com/alexdobin/STAR)，这在我的研究领域很常见。

当我运行在我的服务器上安装这个软件时，一切正常。

当我运行在另一台服务器 (FS=lustre) 上使用完全相同的软件时，程序冻结

我的命令行是：

/path/to/star/STAR-2.7.1a/source/STAR --genomeDir /path/to/reference/ \
        --readFilesIn jeter1.fastq.gz jeter1.fastq.gz \
        --readFilesCommand gunzip -c  --outReadsUnmapped None --outSAMattributes All  |\
        head -n 1000

我使用 strace 来查看发生了什么：

   (...)

   rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0
   --- SIGCHLD {si_signo=SIGCHLD, si_code=CLD_EXITED, si_pid=54748, si_uid=24382, si_status=0, si_utime=0, si_stime=0} ---
   getxattr("./_STARtmp//readFilesIn.info", "security.shook_state", 0x7ffd5a10b6c0, 1024) = -1 ENODATA (No data available)
   open("./_STARtmp//readFilesIn.info", O_RDONLY) = 7
   read(7, "-rw-r-----. 1 lindenbp fg0073 10"..., 8191) = 66
   read(7, "", 8191)                       = 0
   close(7)                                = 0
   write(6, "exec > \"./_STARtmp/tmp.fifo.read"..., 82) = 82
   lseek(6, 0, SEEK_SET)                   = 0
   read(6, "exec > \"./_STARtmp/tmp.fifo.read"..., 8191) = 82
   read(6, "", 8191)                       = 0
   write(3, "-rw-r-----. 1 lindenbp fg0073 10"..., 172) = 172
   close(6)                                = 0
   chmod("./_STARtmp//readsCommand_read1", 0700) = 0
   vfork()                                 = 54750
   --- SIGCHLD {si_signo=SIGCHLD, si_code=CLD_EXITED, si_pid=54750, si_uid=24382, si_status=0, si_utime=0, si_stime=0} ---
   getxattr("./_STARtmp/tmp.fifo.read1", "security.shook_state", 0x7ffd5a10b6c0, 1024) = -1 ENODATA (No data available)
   open("./_STARtmp/tmp.fifo.read1", O_RDONLY ######### <= FREEZES HERE
   (...)

所以我认为它在这里的某个地方冻结了（？）：https://github.com/alexdobin/STAR/blob/bb207df0cb62560c9194247a0480182ccbe1dca5/source/Parameters_openReadsFiles.cpp#L38当软件创建另一个进程到gunzip -c gzip压缩的输入文件时。

我也尝试使用将 tmp 目录指定为“/tmp”的选项，但我得到了相同的结果。

什么可以解释这种行为，有没有办法解决它？

谢谢

Answer 1

我得到了作者的回答https://github.com/alexdobin/STAR/issues/687

程序生成的 shell 脚本缺少 shebang 声明：这会阻止 fifo 流工作。

调用 'mkfifo' 时 C++ 程序挂起 (Lustre FS)

C++ program is hanging when invoking 'mkfifo' (Lustre FS)

c++

bioinformatics

mkfifo

lustre