如何将元数据添加到图像（使用 java 代码）然后将其转换为 dicom

Question

我找到了一个 java 代码，可以将 jpg 和 Dicom（它从那个文件获取元数据）文件转换为最终的 Dicom 文件。我想要做的是将 jpg 图像转换为 Dicom 图像，使用 java 代码生成元数据。

BufferedImage jpg = ImageIO.read(new File("myjpg.jpg"));

// Convert the image to a byte array    
DataBuffer buff = jpg.getData().getDataBuffer();
DataBufferUShort buffer = new DataBufferUShort(buff.getSize());

for (int i = 0; i < buffer.getSize(); ++i)
    buffer.setElem(i, buff.getElem(i));

short[] data = buffer.getData();
ByteBuffer byteBuf = ByteBuffer.allocate(2 * data.length);
int i = 0;
while (data.length > i) {
    byteBuf.putShort(data[i]);
    i++;
}

// Copy a header
DicomInputStream dis = new DicomInputStream(new File("fileToCopyheaderFrom.dcm"));
Attributes meta = dis.readFileMetaInformation();
Attributes attribs = dis.readDataset(-1, Tag.PixelData);
dis.close();

// Change the rows and columns
attribs.setInt(Tag.Rows, VR.US, jpg.getHeight());
attribs.setInt(Tag.Columns, VR.US, jpg.getWidth());
System.out.println(byteBuf.array().length);

// Write the file
attribs.setBytes(Tag.PixelData, VR.OW, byteBuf.array());
DicomOutputStream dcmo = new DicomOutputStream(new File("myDicom.dcm"));
dcmo.writeFileMetaInformation(meta);
attribs.writeTo(dcmo);
dcmo.close();

Answer 1

我不是工具包方面的专家（of-course Java 也是）。

您的“// 复制一个 header”部分读取源 DICOM 文件并将所有属性保存在 Attributes attribs 变量中。

然后，您的“// 更改行和列”部分会根据需要修改一些属性。

然后，您的“// 写入文件”部分只需将从源文件读取的属性添加到目标文件。

现在，您想绕过源 DICOM 文件并通过自己添加属性将普通 JPEG 转换为 DICOM。

将您的“// Copy a header”部分替换为 build the instance of Attributes。

Attributes attribs = new Attributes();
attribs.setString(Tag.StudyDate, VR.DA, "20110404");
attribs.setString(Tag.StudyTime, VR.TM, "15");

以上示例中提到的标签仅供参考。您必须自己决定要包含哪些标签。请注意，规范已根据您正在处理的 SOP class 为标签定义了类型 1、1C、2、2C 和 3。
添加标签时，您还必须注意正确的 VR。规格也谈那件事。
我无法在这里解释这一切；太宽泛了。

Answer 2

关于 dcm4che 我帮不上忙，但是如果使用另一个 Java DICOM 库是您的一个选项，使用 DeCaMino (http://dicomplugin.com) 这个任务非常简单：

  BufferedImage jpg = ImageIO.read(new File("myjpg.jpg"));
  DicomWriter dw = new DicomWriter();
  dw.setOutput(new File("myjpg.dcm"));
  DicomMetadata dmd = new DicomMetadata();
  dw.write(dmd, new IIOImage(jpg, null, null), null);

这将写入一个符合 SOP class "secondary capture" 和默认元数据的 DICOM 文件。

要自定义元数据，请在写入前将数据元素添加到 dmd，例如:

  DataSet ds = dmd.getDataSet();
  ds.set(Tag.StudyDate, LocalDate.of(2011, 4, 4));
  ds.set(Tag.StudyTime, LocalTime.of(15, 0, 0));

您还可以更改传输语法（从而控制像素数据编码）：

  dw.setTransferSyntax(UID.JPEG2000TS);

免责声明：我是 DeCaMino 的作者。

编辑：正如 kritzel_sw 所说，我强烈建议不要通过更改像素数据和某些数据元素来修改现有的 DICOM 对象，您通常会以 non-conform 对象结束。更好的是从头写一个对象，最简单的对象来自二次捕获class。 DeCaMino 通过生成具有强制数据元素的符合二级捕获对象来帮助您，但它不会帮助您生成模态（如 CT 采集）对象。

Answer 3

附注：

attribs.setBytes(Tag.PixelData, VR.OW, byteBuf.array());

VR.OW 表示每个 pixel/channel 有 16 位。由于您将像素数据替换为从 JPEG 图像读取的像素数据，并且您将缓冲区命名为 "byteBuf"，我怀疑这是不一致的。 VR.OB 是每个 pixel/channel 图像 8 位的值表示。

谈到通道，我了解到您想通过修改现有 DICOM 图像而不是从头创建新图像来简化 DICOM 对象的构造。然而，彩色像素数据并不适用于所有类型的 DICOM 图像。例如。如果您的 fileToCopyheaderFrom.dcm 是射线照相、CT 或 MRI 图像（或许多其他放射学类型），则不允许向其添加彩色像素数据。

此外，每个图像都包含识别信息（Study-、Series-、SOP Instance UID 是最重要的），这些信息应该被新生成的值替换。

我知道用新的像素数据修改现有的 DICOM 对象似乎很有吸引力，但这个过程可能比您预期的要复杂得多。在这两种情况下，学习基本的 DICOM 概念是不可避免的。

如何将元数据添加到图像（使用 java 代码）然后将其转换为 dicom

how to add metadata to an image (with java code) and then convert it to dicom

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dicom

dcm4che