使用 R 中层次聚类的实际值绘制 y 轴

Question

我正在尝试通过 Complete Linkage Method 在 R 中绘制树状图。

我将数据设置为：

x1,x2,x3,x4,x5
0,0.5,2.24,3.35,3
0.5,0,2.5,3.61,3.04
2.24,2.5,0,1.12,1.41
3.35,3.61,1.12,0,1.5
3,3.04,1.41,1.5,0

到目前为止，我已经尝试了下面的这段代码并得到了如图所示的输出：

dt <- read.csv("cluster.csv")
df<-scale(dt(-1))
dc<-dist(df,method = "euclidean")
hc1 <- hclust(dc, method = "complete" )
plot(hc1, labels = NULL, hang = 0.1, 
     main = "Cluster dendrogram", sub = NULL,
     xlab = NULL, ylab = "Height")

现在我想

用从生成的值的实际值绘制 y 轴簇间成对距离的计算
用 x1,x2,x3,x4,x5 绘制 x 轴

我在学习 R 时遇到问题，如何使用 plot 绘制图形。

编辑：

如答案中所述，我已将 labels 编辑为

labels = c("x1", "x2","x3","x4","x5")

得到的输出为：

现在，我想将 y 轴标记为计算高度的值

Answer 1

您可以访问以下值

dt <- read.csv("cluster.csv")
df<-scale(dt[-1])  # I had to use brackets here instead of parenthesis
dc<-dist(df,method = "euclidean")
hc1 <- hclust(dc, method = "complete" )
plot(hc1, labels = NULL, hang = 0.1, 
     main = "Cluster dendrogram", sub = NULL,
     xlab = NULL, ylab = "Height")
str(hc1)

Returns:

List of 7
 $ merge      : int [1:4, 1:2] -1 -3 -5 1 -2 -4 2 3
 $ height     : num [1:4] 0.444 1.516 1.851 3.753
 $ order      : int [1:5] 1 2 5 3 4
 $ labels     : NULL
 $ method     : chr "complete"
 $ call       : language hclust(d = dc, method = "complete")
 $ dist.method: chr "euclidean"
 - attr(*, "class")= chr "hclust"

如您所见，没有包含五个值的向量，您需要将其直接映射到绘图中的 labels。如果您知道如何计算这些值，只需将它们放入 five-element 向量并将其放在 labels = 之后，替换当前的 NULL.

使用 R 中层次聚类的实际值绘制 y 轴

plot y-axis with the actual value from the hierarchical clustering in R

r

hierarchical-clustering