无随机效应结构规范的非线性混合模型

Question

我想使用 nlme R 包来拟合具有固定结构规范的非线性模型。

model <- nlme(y ~ Asym/(1+exp((xmid-x)/scal)),
                      data = data,
                      fixed = list(Asym + xmid + scal ~ treatment))
                      #random =  Asym ~ 1|subject)

但是我收到以下错误：

Error in parse(text = paste("~", paste(nVal, collapse = "/"))) : 
  <text>:2:0: unexpected end of input
1: ~ 
   ^

有没有办法绕过这个问题？任何建议都非常受欢迎。

Answer 1

我相信您希望 gnls() 函数（也来自 nlme 包）带有 params= 参数而不是 fixed=。试试这个：

model <- gnls(y ~ Asym/(1+exp((xmid-x)/scal)),
                  data = data,
                  params = list(Asym + xmid + scal ~ treatment),
                  start= ...)

FWIW，如果您真的要进行逻辑拟合（这不仅仅是您想要做的事情的简化示例），拟合可能 faster/more 与 SSlogis() self-starting 函数代替您的显式公式 ...

无随机效应结构规范的非线性混合模型

Nonlinear mixed model without random effects structure specification

r

mixed-models

nlme

non-linear-regression