使用 FSL 对 fMRI 图像进行下采样

Question

我有一组 fMRI 图像。一组的维度为 90 x 60 x 12 x 350，体素维度为 1 x 1 x 1 毫米（350 卷）。另一组的维度为 80 x 35 x 12 x 350，体素维度为 0.2 x 0.2 x 0.5 mm。我正在使用其中一张图片作为参考图片进行注册。由于分辨率不同，注册失败（调情）。所以我必须先进行下采样或上采样。我尝试了以下方法：

调情-in input_image \ -ref good_size_image \ -输出 output_image \ -申请xfm \ -init /usr/share/fsl/5.0/etc/flirtsch/ident.mat

这不起作用，不适用于下采样，也不适用于上采样。

我应该如何进行正确的下采样/上采样？

Answer 1

您尝试使用 fslmaths -subsamp2 命令了吗？

Answer 2

如果我没理解错的话，那么你的图像空间范围是 (a) 9 x 6 x 1.2 cm^3 和 (b) 1.6 x 0.7 x 0.6 cm^3？那些很小而且很不一样。我可以想象，如果图像 2 覆盖了图像 1 的一个非常具体的子区域（因为它小得多），您可能需要给出一个好的起始估计才能获得正确的结果。

如果 input_image 的尺寸为 (b) 且 good_size_image 的尺寸为 (a) 则调用

flirt -in input_image 
      -ref good_size_image 
      -out output_image 
      -applyxfm

（init 选项在这种情况下不是绝对必要的），

您的输出将是在更大的体素中显示更小的 space 的图像。我假设输出图像具有参考图像的大小（即参考图像的概念），但其中大部分是空的。切换 (a) 和 (b) 是没有意义的，因为参考图像的 space 只能覆盖输入的一小部分。您需要先注册。

您可能想尝试使用选项 applyisoxfm 将图像重新采样为给定大小的立方体素。

flirt -in small_image -ref small_image -out small_1mm -applyisoxfm 1

会将覆盖 space (b) 的图像重新采样为 1x1x1 mm^3。同样，对于如此小的 space，这可能会使分辨率变得粗糙。也许将两个图像重新采样为 0.5 毫米各向同性，然后配准？

对于这些问题 FSL mailing list 是一个更好的寻求帮助的地方。

使用 FSL 对 fMRI 图像进行下采样

Downsampling of fMRI image with FSL

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