通过匹配数据框“y”中的第 1 列并插入第 3 列来重命名矩阵“x”的 Rownames/Colnames

Question

我有两个数据框。一个是带有列标题和行标题的矩阵，另一个数据框是矩阵的元数据。矩阵的当前行和列名称是登录号，但我在数据框中还有其他名称用作 row/column 名称。问题是它们的顺序不同。我想在元数据中找到与矩阵中 row/column 匹配的行，并将矩阵的 row/column 名称更改为与第二个数据帧中不同列匹配的名称。

矩阵：

             "XP01020938" "XP3943847" "XP39583574" "XP39384739"
"XP01020938"      1           0.5         0.25         0.1
"XP3943847"      0.5           1          0.5          0.25
"XP39583574"     0.25         0.5          1           0.1
"XP39384739"     0.1          0.25        0.1           1

元数据：

Accession Name
XP3943847 Tiger
XP39583574 Elephant
XP39384739 Monkey
XP01020938 Horse

期望：

          "Horse" "Tiger" "Elephant" "Monkey"
"Horse"      1      0.5      0.25       0.1
"Tiger"      0.5     1       0.5        0.25
"Elephant"   0.25   0.5       1         0.1
"Monkey"     0.1    0.25     0.1         1

Answer 1

像这样使用 match？

colnames(mat) <- metadata$Name[match(colnames(mat), metadata$Accession)]
rownames(mat) <- metadata$Name[match(rownames(mat), metadata$Accession)]

mat
#         Horse Tiger Elephant Monkey
#Horse     1.00  0.50     0.25    0.1
#Tiger     0.50  1.00     0.25    0.1
#Elephant  0.25  0.50     1.00    0.1
#Monkey    0.10  0.25     0.50    1.0

通过匹配数据框“y”中的第 1 列并插入第 3 列来重命名矩阵“x”的 Rownames/Colnames

Renaming Rownames/Colnames of matrix `x` by matching column 1 in dataframe `y` and inserting column 3

loops

r

dataframe

rowname