使用 Python 仅将 HDF5 文件中的部分数据加载到内存中

Question

要将 HDF5 文件中的数据加载到内存中，可以使用 pandas.read_hdf 函数和要加载的列列表。但是，这种方式会将整个 table 加载到内存中，然后删除一些列。因此，初始内存使用量远大于数据的实际大小。

有没有办法只加载感兴趣的列？

Answer 1

Nownuri，两者都提供了读取部分文件的方法。
使用 pytables，有几种方法可以将 table 读入 numpy 数组。其中包括：

table.read() 让你切片数据，
table.read_coordinates()读取一组[不连续]坐标（又名行），
table.read_where()根据搜索条件读取一组

全部支持可选的field=''参数来读取基于字段名称的单列数据（如numpy recarry）。有关完整的详细信息，请阅读 Pytables 文档。您可以在这里找到它：PyTables User Guide

h5py 具有基于 numpy 数组切片约定的相似（但不同）方法。有关 h5py 的详细信息，请访问此处的文档：H5py Documentation

下面是每一个的非常简单（独立）的例子。我以写入模式创建数据，然后以读取模式重新打开文件。您可能只需要每个示例的后半部分（如何读取数据）。此外，HDF5 文件与创建方法无关：您可以使用 h5py 或 pytables 读取 HDF5 文件（与它们的创建方式无关）。

Pytables方法：
此方法显示了 2 种不同的方式来访问 table w/ pytables。第一种使用'Natural Naming'得到h5_i_arr，第二种使用get_node()方法读取h5_x_arr.

import tables as tb
import numpy as np

with tb.File('SO_57342918_tb.h5','w') as h5f:

    i_arr=np.arange(10)
    x_arr=np.arange(10.0)

    my_dt = np.dtype([ ('i_arr', int), ('x_arr', float) ] )
    table_arr = np.recarray( (10,), dtype=my_dt )
    table_arr['i_arr'] = i_arr
    table_arr['x_arr'] = x_arr

    my_ds = h5f.create_table('/','ds1',obj=table_arr)

# read 1 column using field= parameter:   
with tb.File('SO_57342918_tb.h5','r') as h5f:

    h5_i_arr = h5f.root.ds1.read(field='i_arr')
    h5_x_arr = h5f.get_node('/ds1').read(field='x_arr')
    print (h5_i_arr)
    print (h5_x_arr)

h5py方法：

import h5py
import numpy as np

with h5py.File('SO_57342918_h5py.h5','w') as h5f:

    i_arr=np.arange(10)
    x_arr=np.arange(10.0)

    my_dt = np.dtype([ ('i_arr', int), ('x_arr', float) ] )
    table_arr = np.recarray( (10,), dtype=my_dt )
    table_arr['i_arr'] = i_arr
    table_arr['x_arr'] = x_arr

    my_ds = h5f.create_dataset('/ds1',data=table_arr)

# read 1 column using numpy slicing: 
with h5py.File('SO_57342918_h5py.h5','r') as h5f:

    h5_i_arr = h5f['ds1'][:,'i_arr']
    h5_x_arr = h5f['ds1'][:,'x_arr']
    print (h5_i_arr)
    print (h5_x_arr)

使用 Python 仅将 HDF5 文件中的部分数据加载到内存中

Loading only a part of the data in a HDF5 file into memory with Python

python

hdf5

pytables

h5py