将顶点属性添加到 NetworkD3 对象

Question

大家好，

为了网络视觉，我一直在努力将颜色组添加到 networkd3 object in r。渲染视觉效果的代码是 stable，但我目前将分组变量设置为 1。棘手的一点是我有一个单独的 table 用于评估颜色组。

我试图通过首先生成一个列表将其添加为向量。

V(network)$color <- group[V(network)$name]

我还尝试了一个名为 makeVertexAtt 的自定义函数以及使用 igraph 中的 set_vertex_attr 和 vertex_attr-set，但无济于事。我在网络对象中进行简单连接时遇到的问题是 cannot coerce class ‘"igraph.vs"’ to a data.frame。很公平，但如果我创建矢量并将其添加进去，我会收到 Not a graph object 错误。

让我们举个例子（因为这不是图形对象）我有这个名称向量：

V(Graph)$names<-c("knife","kitchen","toilet","shower","toothbrush", "shed")

然后我有一个单独的数据集，它有两列，单词和类别。

Word<-c("knife","kitchen","toilet","shower","toothbrush")
Category <-c("Kitchen","Kitchen","bathroom","bathroom","bathroom")

理想情况下，我想要一个具有匹配向量的 V(graph)$color 属性

V(graph)$color<-c("Kitchen","Kitchen","bathroom","bathroom","bathroom","N/A")

如有任何想法，我们将不胜感激。

Answer 1

大家好，我想我的问题已经解决了。 networkD3 对象是列表的列表。 Python 中的这个概念非常好，但在 R 中访问级别我没有使用两个 $ 进入列表列表。

所以不要将组变量应用于 network.D3$nodes。我需要向 network.D3$nodes$group 添加新顶点。所以为了解决我的问题，我同时在调用中创建了一个合并变量，

group<- as.dataframe (Word,Category)

list<-merge (x=network.D3$nodes, y=group, x.by="names", y.by="Word",all.x=TRUE)

network.D3$nodes$group<-list$Category

forceNetwork(Links = network.D3$links, 
             Nodes = network.D3$nodes, 
             Source = 'source', 
             Target = 'target',
             NodeID = 'name',
             Group = 'group',
             opacity = 0.9,
             Value = 'Width',
             fontSize = 12,
             zoom = TRUE, 
             opacityNoHover = 1)

更新

我发现我的计划有缺陷。出于某种原因，将向量创建为单独的评估然后将其添加回去不起作用，因为 networkD3 对象的顺序发生了变化？这是奇怪的行为。（不幸的是，由于数据保护，我不能分享真实世界的例子。）

所以我尝试使用以下代码在创建属性时进行评估：

network.D3$nodes$group<- list(merge(x=network.D3$nodes,y=Lexicon, by="name", all.x = TRUE))

但这会将顶点添加为数据框，然后无法将其放置在 forcenetwork 中。在 plyr 中尝试并没有提供任何更好的结果。

network.D3$nodes$group<- Lexicon %>% join(network.D3$nodes,Lexicon,by="name",type = "left")) %>% select(list(Category_1))

>Error in match.arg(match, c("first", "all")) : 
  'arg' must be NULL or a character vector

如何在匹配评估后添加一个向量，其中结果保存为可以分配给 networkD3 lists of lists 对象的向量？

Answer 2

这是一种将组信息从一个数据帧合并到您的节点数据帧的简单方法

names <- c("knife", "kitchen", "toilet", "shower", "toothbrush", "shed")
nodes <- data.frame(names, stringsAsFactors = FALSE)

Word <- c("knife", "kitchen", "toilet", "shower", "toothbrush")
Category <- c("Kitchen", "Kitchen", "bathroom", "bathroom", "bathroom")
group <- data.frame(Word, Category, stringsAsFactors = FALSE)

nodes$group <- group$Category[match(nodes$names, group$Word)]

nodes
#       names    group
# 1      knife  Kitchen
# 2    kitchen  Kitchen
# 3     toilet bathroom
# 4     shower bathroom
# 5 toothbrush bathroom
# 6       shed     <NA>

将顶点属性添加到 NetworkD3 对象

Add an Vertex Attribute to NetworkD3 object

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r

networkd3

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