从 dockerfile 激活奇点容器中的 conda 环境

Question

我正在尝试从现有 docker 图像设置一个奇点容器，其中一个名为 "tensorflow" 的 conda 环境在我运行容器后立即被激活。我找到了关于这个主题的一些答案。不幸的是，在此 post 中，他们仅解释了如何设置 singularity .def 文件以默认激活 conda 环境。但是，我只想修改我现有的 Dockerfile，然后从中构建一个奇点图像。

到目前为止我尝试过的是像这样设置 Dockerfile：

FROM opensuse/tumbleweed

ENV PATH /opt/conda/bin:$PATH
ENV PATH /opt/conda/envs/tensorflow/bin:$PATH

# Add conda environment files (.yml)
COPY ["./conda_environments/", "."]

# Install with zypper
RUN zypper install -y sudo wget bzip2 vim tree which util-linux

# Get installation file
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2019.07-Linux-x86_64.sh -O ~/anaconda.sh

# Install anaconda at /opt/conda
RUN /bin/bash ~/anaconda.sh -b -p "/opt/conda"

# Remove installation file
RUN rm ~/anaconda.sh

# Make conda command available to all users
RUN ln -s /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh /etc/profile.d/conda.sh

# Create tensorflow environment
RUN conda env create -f tensorflow.yml

# Activate conda environment with interactive bash session
RUN echo ". /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.bashrc
RUN echo "conda activate tensorflow" >> ~/.bashrc

# Default command
CMD ["/bin/bash"]

构建 docker 图像后，我运行 docker 容器具有：

docker run -t -d --rm --name=my_container opensuse_conda:latest

然后进入容器：

docker exec -it my_container bash

结果符合预期。 shell 会话直接启动，"tensorflow" 环境处于活动状态，由 (tensorflow) 前缀指示。

要从这张 docker 图像构建奇点图像，我使用：

sudo singularity build opensuse_conda.sif docker-daemon://opensuse_conda:latest

和运行容器：

sudo singularity run opensuse_conda.sif

这就是问题所在。默认激活 "base" 环境而不是 "tensorflow" 环境。但是，我宁愿在运行奇点容器时激活 "tensorflow" 环境。

我如何修改我的 Dockerfile，以便在运行同时连接 docker 容器和奇点容器时，默认环境是 "tensorflow"？

非常感谢您的帮助！

Answer 1

您的问题是 .bashrc 仅在您启动交互式 shell 时才会被读取，但当容器是运行默认命令时则不会。有关背景信息，请参阅 this answer。

有一堆 bash startup files 可以代替 conda activate tensorflow 命令。我建议定义一个您自己的文件，并将文件名放入 BASH_ENV 环境变量中。两者都可以从 Dockerfile 轻松完成。

从 dockerfile 激活奇点容器中的 conda 环境

Activate conda environment in singularity container from dockerfile

python

docker

conda

singularity-container