如何从我的 NMDS 图表中检索原始输出数据？

Question

我有运行素食包的 NMDS 分析并生成了下图。我现在想提取图中每个点的值（NMDS 1 轴的 x 值和 NMDS 2 轴的 y 值）。我在网上做了一些搜索，但没有找到任何解决方案。有人做过吗？

数据被组织为一个数据框，有 4 列，图中每个北极栖息地一列，208 行，每行是每个北极栖息地的物种总数。

这是我用来生成图表的代码：

library(vegan)

arctichabitat<-read.csv(file.choose())

arctichabitat.nmds <- metaMDS(arctichabitat, distance = "bray", trace = F, trymax = 100)

plot(arctichabitat.nmds)
text(arctichabitat.nmds, display = "species", csv = 0.5)

我该如何解决这个问题？

Answer 1

metaMDS 函数返回的对象有一个名为 points 的属性，其中包含您要查找的值：

nmds_coordinates <- arctichabitat.nmds$points

数据框有两列，MDS1 和 MDS2。我不确定为什么不叫它们 NMDS1 和 NMDS2，但我用

检查了几个数据集

plot(arctichabitat.nmds$points)

它们似乎与您提供的默认对象图所用的值相同。

Answer 2

所有 vegan 排序对象都有函数 scores 可以提取您要求的值。这甚至被记录在案：参见 ?metaMDS.

如何从我的 NMDS 图表中检索原始输出数据？

How to retrieve the raw output data from my NMDS graph?

r

vegan