R CMD 检查，警告，Rd 交叉引用，没有可用的包
R CMD check, WARNING, Rd cross-reference, no package available
我正在 运行 R CMD 检查我的包裹。我的命令如下：
R CMD check --no-vignettes --no-manual --ignore-vignettes \path\to\package
我在检查 Rd 交叉引用时收到以下警告：
checking Rd cross-references ... WARNING
Error in find.package(package, lib.loc) :
there is no package called 'cluster'
Calls: <Anonymous> -> lapply -> FUN -> find.package
Execution halted
问题是我不在代码中使用cluster包。它未在 DESCRIPTION 文件中列为依赖项。 /R 和 /man 中没有对 cluster 的引用。
可能发生了什么？
P.S。
附加信息：
> sessionInfo()
R version 3.5.3 (2019-03-11)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows Server x64 (build 14393)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] my_package_1.0.0 testthat_2.1.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.1 lubridate_1.7.4 prettyunits_1.0.2 assertive.properties_0.0-4
[5] assertive.types_0.0-3 assertive.data.us_0.0-2 ps_1.3.0 assertthat_0.2.1
[9] zeallot_0.1.0 rprojroot_1.3-2 digest_0.6.20 foreach_1.4.4
[13] R6_2.4.0 backports_1.1.4 assertive.code_0.0-3 pillar_1.4.2
[17] assertive.strings_0.0-3 rlang_0.4.0 rstudioapi_0.10.0-9000 data.table_1.12.2
[21] callr_3.3.0 assertive_0.3-5 assertive.data_0.0-3 desc_1.2.0
[25] devtools_2.1.0 readr_1.3.1 stringr_1.4.0 compiler_3.5.3
[29] xfun_0.8 pkgconfig_2.0.2 pkgbuild_1.0.3 tidyselect_0.2.5
[33] tibble_2.1.3 roxygen2_6.1.1 assertive.sets_0.0-3 codetools_0.2-16
[37] crayon_1.3.4 dplyr_0.8.3 withr_2.1.2 commonmark_1.7
[41] assertive.base_0.0-7 magrittr_1.5 assertive.models_0.0-2 cli_1.1.0
[45] stringi_1.4.3 fs_1.3.1 assertive.matrices_0.0-2 remotes_2.1.0
[49] doParallel_1.0.14 xml2_1.2.0 assertive.reflection_0.0-4 assertive.datetimes_0.0-2
[53] vctrs_0.2.0 iterators_1.0.10 RODBC_1.3-15 tools_3.5.3
[57] glue_1.3.1 purrr_0.3.2 assertive.numbers_0.0-2 hms_0.5.0
[61] processx_3.4.0 pkgload_1.0.2 parallel_3.5.3 assertive.files_0.0-2
[65] assertive.data.uk_0.0-2 sessioninfo_1.1.1 memoise_1.1.0 knitr_1.23
[69] usethis_1.5.1
更新：编辑了我的原文 post。
TLDR：确保您的库中没有空包目录。
我花了一些时间更深入地研究这个问题，这是正在发生的事情。
作为 R Rd 交叉引用检查的一部分，执行以下代码语句（使用了 tools 包中的一些函数）：
base <- unlist(tools:::.get_standard_package_names()[c("base", "recommended")],
use.names = FALSE)
base <- base[dir.exists(file.path(.Library, base))]
aliases <- lapply(base, tools:::Rd_aliases, lib.loc = NULL)
base 变量包含来自 CRAN 发行版的 base 和 recommended 包的列表。您可以在此处了解这些内容（转到 5.1）：
https://cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html#R-Add_002dOn-Packages
tools:::.get_standard_package_names() 实际上 returns 基本和推荐包的硬编码列表。然后，不存在于默认系统库位置的包将被删除。之后，tools:::Rd_aliases 应用于此列表。在我的例子中，.Library 输出的位置中有一个名为 cluster 的文件夹。与此同时，包裹本身也不见了。这就是我收到错误的原因。
我正在 运行 R CMD 检查我的包裹。我的命令如下：
R CMD check --no-vignettes --no-manual --ignore-vignettes \path\to\package
我在检查 Rd 交叉引用时收到以下警告：
checking Rd cross-references ... WARNING
Error in find.package(package, lib.loc) :
there is no package called 'cluster'
Calls: <Anonymous> -> lapply -> FUN -> find.package
Execution halted
问题是我不在代码中使用cluster包。它未在 DESCRIPTION 文件中列为依赖项。 /R 和 /man 中没有对 cluster 的引用。
可能发生了什么？
P.S。 附加信息：
> sessionInfo()
R version 3.5.3 (2019-03-11)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows Server x64 (build 14393)
Matrix products: default
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252 LC_CTYPE=English_United States.1252 LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=English_United States.1252
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] my_package_1.0.0 testthat_2.1.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_1.0.1 lubridate_1.7.4 prettyunits_1.0.2 assertive.properties_0.0-4
[5] assertive.types_0.0-3 assertive.data.us_0.0-2 ps_1.3.0 assertthat_0.2.1
[9] zeallot_0.1.0 rprojroot_1.3-2 digest_0.6.20 foreach_1.4.4
[13] R6_2.4.0 backports_1.1.4 assertive.code_0.0-3 pillar_1.4.2
[17] assertive.strings_0.0-3 rlang_0.4.0 rstudioapi_0.10.0-9000 data.table_1.12.2
[21] callr_3.3.0 assertive_0.3-5 assertive.data_0.0-3 desc_1.2.0
[25] devtools_2.1.0 readr_1.3.1 stringr_1.4.0 compiler_3.5.3
[29] xfun_0.8 pkgconfig_2.0.2 pkgbuild_1.0.3 tidyselect_0.2.5
[33] tibble_2.1.3 roxygen2_6.1.1 assertive.sets_0.0-3 codetools_0.2-16
[37] crayon_1.3.4 dplyr_0.8.3 withr_2.1.2 commonmark_1.7
[41] assertive.base_0.0-7 magrittr_1.5 assertive.models_0.0-2 cli_1.1.0
[45] stringi_1.4.3 fs_1.3.1 assertive.matrices_0.0-2 remotes_2.1.0
[49] doParallel_1.0.14 xml2_1.2.0 assertive.reflection_0.0-4 assertive.datetimes_0.0-2
[53] vctrs_0.2.0 iterators_1.0.10 RODBC_1.3-15 tools_3.5.3
[57] glue_1.3.1 purrr_0.3.2 assertive.numbers_0.0-2 hms_0.5.0
[61] processx_3.4.0 pkgload_1.0.2 parallel_3.5.3 assertive.files_0.0-2
[65] assertive.data.uk_0.0-2 sessioninfo_1.1.1 memoise_1.1.0 knitr_1.23
[69] usethis_1.5.1
更新：编辑了我的原文 post。
TLDR：确保您的库中没有空包目录。
我花了一些时间更深入地研究这个问题，这是正在发生的事情。
作为 R Rd 交叉引用检查的一部分，执行以下代码语句（使用了 tools 包中的一些函数）：
base <- unlist(tools:::.get_standard_package_names()[c("base", "recommended")],
use.names = FALSE)
base <- base[dir.exists(file.path(.Library, base))]
aliases <- lapply(base, tools:::Rd_aliases, lib.loc = NULL)
base 变量包含来自 CRAN 发行版的 base 和 recommended 包的列表。您可以在此处了解这些内容（转到 5.1）：
https://cran.r-project.org/doc/FAQ/R-FAQ.html#R-Add_002dOn-Packages
tools:::.get_standard_package_names() 实际上 returns 基本和推荐包的硬编码列表。然后，不存在于默认系统库位置的包将被删除。之后，tools:::Rd_aliases 应用于此列表。在我的例子中，.Library 输出的位置中有一个名为 cluster 的文件夹。与此同时，包裹本身也不见了。这就是我收到错误的原因。