使用 os.walk 的循环仅运行第一个循环

Question

我正在尝试获取列表中的一组文件的路径。这些文件位于不同的子文件夹中。我正在使用 os.walk 并通过不同的文件循环到运行并将完整路径附加到新的数据帧以在不同的程序中使用。但是代码中有一个错误，只使它运行成为循环的第一个循环。

代码基于此线程：Need the path for particular files using os.walk()

我在 MacOS10.14.6 上使用 python3.6 我不确定这是否重要，但目录位于外部硬盘驱动器上。

    import pandas as pd
    import os

    dir = "/Volumes/dir1/dir2"
    fastafiles = ["file1", "file2", "file3"]
    fastafiles_df = pd.DataFrame(fastafiles)

    fasta_paths = []

    for fasta in fastafiles_df[0]:
        #1
        for dir, subdirs, files in os.walk(dir):
            for file in files:
                if file.endswith(fasta):
                    #2
                    fasta_paths.append(os.path.join(dir, file))
                    #3

运行代码将在 fasta_paths 中给我 1 个条目，只有第一个文件的路径。

如果我 print(fasta) 在 #1 我从我的数据框中得到所有 3 个文件名。

如果我在#2 print(file) 我只会得到 1 个文件名如果我 print fasta_paths 在 #3 我会得到第一个文件的路径。

谁能指出循环不继续的原因。

Answer 1

我猜这个错误是由于 dir 在解压缩和遍历 os.walk 生成器对象时用于表示根目录和参数导致的名称空间崩溃。不过，请记住 dir 是 Python 标准库的名称，尽量不要使用此类变量名。

你能试试改个变量名吗？

import pandas as pd
import os

root_dir = "/Volumes/dir1/dir2"
fastafiles = ["file1", "file2", "file3"]
fastafiles_df = pd.DataFrame(fastafiles)

fasta_paths = []

for fasta in fastafiles_df[0]:
    #1
    for curr_dir, subdirs, files in os.walk(root_dir):
        for file in files:
            if file.endswith(fasta):
                #2
                fasta_paths.append(os.path.join(curr_dir, file))

使用 os.walk 的循环仅运行第一个循环

Loop using os.walk only runs the first cycle

loops

os.walk

python-3.x

pandas