如何减少 ggraph 弧图中的节点？

Question

我正在尝试创建一个弧形图，显示非营利组织之间的关系，重点关注以其中一个非营利组织为中心的子图。这个子图中有很多非营利组织，我需要减少弧形图中的节点数量，只关注最强的连接。

我已经成功过滤掉权重低于 50 的边。但是当我创建图形时，即使边已经消失，节点仍然存在。如何从弧形图中过滤不需要的节点？[=12=]

这是我的代码，从创建 igraph 对象开始。

# Create an igraph object
NGO_igraph <- graph_from_data_frame(d = edges, vertices = nodes, directed = TRUE)

# Create a subgraph centered on a node
# Start by entering the node ID
nodes_of_interest <- c(48)

# Build the graph
selegoV <- ego(NGO_igraph, order=1, nodes = nodes_of_interest, mode = "all", mindist = 0)
selegoG <- induced_subgraph(NGO_igraph,unlist(selegoV))

# Reducing the graph based on edge weight
smaller <- delete.edges(selegoG, which(E(selegoG)$weight < 50))

# Plotting an arc graph 
ggraph(smaller, layout = "linear") + 
  geom_edge_arc(aes(width = weight), alpha = 0.8) + 
  scale_edge_width(range = c(0.2, 2)) +
  geom_node_text(aes(label = label)) +
  labs(edge_width = "Interactions") +
  theme_graph()

这是我得到的结果：

Answer 1

在没有任何示例数据的情况下，我创建了这个基本示例：

#define graph
g <- make_ring(10) %>%
  set_vertex_attr("name", value = LETTERS[1:10])
g
V(g)

#delete edges going to and from vertice C
g<-delete.edges(g, E(g)[2:3])

#find the head and tails of each edge in graph
heads<-head_of(g, E(g))
tails<-tail_of(g, E(g))
#list of all used vetrices
combine<-unique(c(heads, tails))

#collect an vertices
v<-V(g)

#find vertices not in found set
toremove<-setdiff(v, combine)

#remove unwanted vertices
delete_vertices(g, toremove)

基本过程是识别所有感兴趣边的起点和终点，然后将此唯一列表与所有边进行比较，并删除不在唯一列表中的边。
从您上面的代码中，图表 "smaller" 将用于查找顶点。

希望对您有所帮助。

Answer 2

如果您只对省略零度顶点或孤立点（即没有传入或传出边的顶点）感兴趣，您可以简单地使用以下行：

g <- induced.subgraph(g, degree(g) > 0)

但是，这将删除所有株。因此，如果您出于某种原因设置专门删除由小于 50 的边连接的那些顶点（并免除其他 'special' 隔离），那么您将需要清楚地识别哪些是：

special_vertex <- 1
v <- ends(g, which(E(g) < 50))
g <- delete.vertices(g, v[v != special_vertex])

您也可以通过考虑顶点的 strength 来跳过 delete.edges 部分：

g <- induced.subgraph(g, strength(g) > 50)

如何减少 ggraph 弧图中的节点？

How can I reduce the nodes in a ggraph arc graph?

r

igraph

ggraph