Module not found error : While module is installed and listed in the pip list

Question

我已经安装了 biopython 和相关模块，但是当我尝试加载它们时

from BCBio.GFF import GFFExaminer import pprint from BCBio import GFF

抛出以下错误，

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ModuleNotFoundError                       Traceback (most recent call last)
<ipython-input-44-5e2a9411b6ce> in <module>
----> 1 from BCBio.GFF import GFFExaminer
      2 import pprint
      3 from BCBio import GFF
      4 import gzip
      5 import numpy as np

~/software/anaconda/lib/python3.7/site-packages/BCBio/GFF/__init__.py in <module>
      1 """Top level of GFF parsing providing shortcuts for useful classes.
      2 """
----> 3 from BCBio.GFF.GFFParser import GFFParser, DiscoGFFParser, GFFExaminer, parse, parse_simple
      4 from BCBio.GFF.GFFOutput import GFF3Writer, write
      5 

~/software/anaconda/lib/python3.7/site-packages/BCBio/GFF/GFFParser.py in <module>
     30     collections.defaultdict = _utils.defaultdict
     31 
---> 32 from Bio.Seq import UnknownSeq
     33 from Bio.SeqRecord import SeqRecord
     34 from Bio import SeqFeature

ModuleNotFoundError: No module named 'Bio'

Python 版本：Python 3.7.2 点子版本：点子 18.1

当我这样做的时候 点列表

我在列表中同时看到 bio 和 biopython

bio                               0.1.0               
biopython                         1.74
bcbio-gff                         0.6.6               
bcrypt                            3.1.6               
binaryornot                       0.4.4               
bio                               0.1.0               
biopython                         1.74                
bleach                            3.0.2               
boto3                             1.9.139             
botocore                          1.12.139

非常感谢任何建议或帮助。

Answer 1

您的 pip list 未显示已安装 bcbio-gff 软件包。

尝试：

pip install bcbio-gff

进一步说明，bio 是一个分析包，可能不是您要找的东西。

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尝试创建一个新的虚拟环境：

python3 -m venv venv
. venv/bin/activate
pip install --upgrade pip
pip install biopython bcbio-gff 

然后再次尝试 运行 您的脚本。