Docker，CentOS：如何在 bash shell 中使用环境模块自动加载模块？

Question

我想在 CentOS Docker 容器中自动加载模块。

通常，我会将命令放在 .bashrc / .bash_profile 中，但我似乎无法让它工作。

这是我当前 Docker 文件的开头：

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git

RUN echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bash_profile \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bash_profile \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60

WORKDIR /app

...

这是有效的命令：

docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "source /usr/share/Modules/init/bash; module load mpi/mpich-x86_64; mpiexec"

但我只想 docker run -t my_image:tag /bin/bash -c "mpiexec" 工作。

我尝试添加多种回显命令组合，例如/root/.bashrc 或 /app/.bash_profile，但似乎无法正常工作。

Answer 1

在您描述的 docker run 命令中，bash 在非交互模式下作为非登录 shell 启动。在这种情况下 bash 不会评估其初始化配置文件，如 ~/.bash_profile 或 ~/.bashrc.

为了适应 bash 在此上下文中的初始化，可以使用 BASH_ENV 变量。在非交互模式下启动时，bash 获取此变量指向的文件（如果已设置）。

所以我建议将您的 docker 图片的定义调整为：

创建一个 ~/.bashenv 文件来保存环境模块初始化命令和 mpi 模块文件的加载
然后在图像定义中声明 BASH_ENV 指向 /root/.bashenv 的变量，以便在对创建的容器运行发出命令时设置它

FROM centos:7.6.1810

RUN yum update -y && yum clean all

RUN yum install -y https://centos7.iuscommunity.org/ius-release.rpm \
    && yum install -y python36u python36u-libs python36u-devel python36u-pip \
    && yum install -y environment-modules mpich mpich-devel gcc-c++ \
    && yum install -y git
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python2 50 \
    && update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.6 60 \
    && echo "source /usr/share/Modules/init/bash" >> /root/.bashenv \
    && echo "module load mpi/mpich-x86_64" >> /root/.bashenv \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bash_profile \
    && echo "[[ -s ~/.bashenv ]] && source ~/.bashenv" >> /root/.bashrc

ENV BASH_ENV=/root/.bashenv

WORKDIR /app

Docker，CentOS：如何在 bash shell 中使用环境模块自动加载模块？

Docker, CentOS: How to automate loading of modules with environment-modules, in bash shell?

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centos7

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