导入 igraph 时出错

Question

在 python 中导入 igraph 时出现错误（见下文）。由于 igraph 不是 anaconda 的一部分，我执行了下面概述的安装步骤。

什么是libglpk.35.dylib，我应该如何加载它，为什么会出现这个问题？

无法导入 igraph

'' import igraph
'' Traceback (most recent call last):
''   File "<stdin>", line 1, in <module>
''   File "/Users/claushaslauer/anaconda/lib/python2.7/site-packages/igraph/__init__.py", line 34, in <module>
    '' from igraph._igraph import *
'' ImportError: dlopen(/Users/claushaslauer/anaconda/lib/python2.7/site-packages/igraph/_igraph.so, 2): Library not loaded: /usr/local/lib/libgmp.10.dylib
''   Referenced from: /usr/local/lib/libglpk.35.dylib
''   Reason: image not found

安装步骤

通过 ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
安装 pkg-config（通过 igraph-help）brew install pkg-config
通过自制软件安装 igraph：brew install igraph
link: brew install homebrew/science/igraph
pip install python-igraph

遵循 Evert 的建议：

brew uninstall igraph
brew uninstall gmp
brew uninstall glkp -- Error: No such keg: /usr/local/Cellar/glkp
brew install igraph

==> 从 homebrew/homebrew-science 安装 igraph ==> 安装 igraph 依赖项：gmp ==> 正在下载 https://homebrew.bintray.com/bottles/gmp-6.0.0a.yosemite.bottle。已下载：/Library/Caches/Homebrew/gmp-6.0.0a.yosemite.bottle.tar.gz ==> 浇注 gmp-6.0.0a.yosemite.bottle.tar.gz 错误：brew link 步骤未成功完成公式已构建，但未被 symlinked 到 /usr/local 无法 symlink include/gmp.h 目标 /usr/local/include/gmp.h 已经存在。您可能想要删除它： rm '/usr/local/include/gmp.h'

强制 link 并覆盖所有冲突文件： brew link --overwrite gmp

列出所有将被删除的文件： brew link --overwrite --dry-运行 gmp

可能的冲突文件是： /usr/local/include/gmp.h /usr/local/库/libgmp.a ==> 总结 /usr/local/Cellar/gmp/6.0.0a: 15 个文件，3.2M ==> 安装 igraph ==> 正在下载 https://homebrew.bintray.com/bottles-science/igraph-0.7.1.yosemi 已下载：/Library/Caches/Homebrew/igraph-0.7.1.yosemite.bottle.tar.gz ==>浇注igraph-0.7.1.yosemite.bottle.tar.gz /usr/local/Cellar/igraph/0.7.1: 83 个文件，6.4M
- "Error: The brew link step did not complete successfully"是什么意思？
- 我没有看到与 /usr/local/lib/libglpk.35.dylib 相关的任何内容 -- 当我现在调用 python 时，出现了与以前相同的错误。

在 Evert 的帮助下解决

感谢 Evert 的补充回答。有了这些内容，我现在可以导入 igraph 了。需要注意的三点：

当我说 brew tap homebrew/sciene，使用我的 github 凭据登录时，我得到
```
remote: Repository not found.
fatal: repository 'https://github.com/Homebrew/homebrew-sciene/' not found
Error: Failure while executing: git clone https://github.com/Homebrew/homebrew-sciene /usr/local/Library/Taps/homebrew/homebrew-sciene --depth=1 
```
我不确定这有多重要，事实证明，没有这个我也可以运行 igraph。但是，URL https://github.com/Homebrew/homebrew-sciene/ 为我产生了 404 错误。
brew search glpk 和 brew search igraph 都是 return 指向 homebrew/science/...
brew link --overwrite gmp 说它创建了 11 个 symlink。我认为这就是解决我的问题的原因，所以现在我可以在 python.

感谢您的帮助。

Answer 1

缺少glpk依赖，因为安装igraph时，只搜索默认包。 glpk 和 igraph 一样生活在一个名为 homebrew/science 的额外自制程序存储库中。您可以通过 "tapping" it:

自动访问该存储库

brew tap homebrew/science

现在，还会搜索此存储库中包含的所有包。要确认，请尝试查看以下两个命令是否仅返回包名称：

brew search glpk

brew search igraph

在重新安装 igraph 之前，您必须解决 gmp 的 link 问题；这只是自制软件在卸载步骤中没有完全卸载 igraph 及其依赖项的结果。为此，您可以按照自制软件的建议：

brew link --overwrite gmp

（您正在用之前仍部分安装的 gmp 包覆盖 gmp 包；它们是相同的，因此不会造成任何伤害。）

现在，您应该可以安装 igraph 了：

brew install igraph

如果这也给出了 warning/error 大约 links，使用与 gmp 相同的 --overwrite 选项。

如果 brew install igraph 没有安装 glpk（即，您没有看到类似“==> Installing igraph dependency: glpk”的消息），您可以简单地单独安装它：

brew install glpk

提供或接受一些次要细节，您现在应该可以安装 igraph（并且，由于您从未卸载 python-igraph，因此它应该仍然可以工作）。

导入 igraph 时出错

error importing igraph

python-2.7

installation

igraph

anaconda

无法导入 igraph

安装步骤

遵循 Evert 的建议：

在 Evert 的帮助下解决