使用默认值验证 jsonschema，其中输入可以是对象和字符串

Question

我正在使用 snakemake validate which is heavily based on jsonschema 来验证我的 (yaml) 配置。用户必须选择一个选项，并且可以根据需要指定更详细的参数，否则应该默认为 config.yaml.

中的默认值

# problem that bwa is string, does not default
aligner:
  bwa

# defaults nicely for align
aligner:
  hisat2:
    index: 'parameters'

# works!
aligner:
  salmon:
    index: 'parameters1'
    align: 'parameters2'

我的 config.yaml 现在看起来像这样：

  aligner:
    description: which aligner to use
    properties:
      bwa:
        properties:
          index:
            default: 'def_param'
          align:
            default: 'def_param'
      hisat2:
        properties:
          index:
            default: 'def_param'
          align:
            default: 'def_param'
      salmon:
        properties:
          index:
            default: 'def_param'
          align:
            default: 'def_param'
    minProperties: 1
    additionalProperties: false
    default:
      bwa:
        index: -a bwtsw
        align: ''

如果人们只指定一个对准器，我该如何做到它也默认？

Answer 1

根据您的示例，您使用的库似乎采用默认值，包括对象。因此，要设置对象 bwa 的默认值，您需要在与其属性相同的级别定义默认值，如下所示...

aligner:
  description: which aligner to use
  properties:
    bwa:
      properties:
        index:
          default: 'def_param'
        align:
          default: 'def_param'
      default:
        index: 'def_param'
        align: 'def_param'

我认为您不想再为对象的各个属性定义默认值。

很遗憾，我无法按照您的预期测试它是否有效。

使用默认值验证 jsonschema，其中输入可以是对象和字符串

Validate jsonschema with defaults where input can be both object and string

python

yaml

jsonschema