从 awk 生成的制表符分隔文件中填充关联数组的故障排除

Question

我使用 samtools 和 awk 生成了制表符分隔文件。我试图用制表符分隔文件填充关联数组。然后，关联数组的键和值将用于下游分析的函数中。

当尝试使用代码填充关联数组时，文件行被读入 $queryid 并且制表符被转换为 space。除了下面显示的内容之外，我还尝试了运行使用 IFS=\ 和 IFS="\t" 的代码。

samtools view  "NA" | awk 'BEGIN { OFS = "\t" } ; { print ,  }' > "/_ReadStarts.txt"

declare -A Readstart
while IFS= read queryid startpos; do
  echo $queryid >> "/test.txt"#this line was added for troubleshooting
  Readstart[$queryid]=$startpos
  done < "/_ReadStarts.txt"

从 samtools 和 awk 生成的输入文件 (ReadStarts.txt) 的一部分如下所示。 $queryid 的一部分（显示在 test.txt 中）应该是键或数组，如下所示。它包含 ReadStarts.txt 中的第二列，应存储在 $startpos.

中

ReadStarts.txt
NB501950:166:HVN2GBGXB:3:21607:13181:3898 13397
NB501950:166:HVN2GBGXB:3:23607:24238:3455 16224
NB501950:166:HVN2GBGXB:3:23402:13620:6968 18402

test.txt
NB501950:166:HVN2GBGXB:3:21607:13181:3898 13397
NB501950:166:HVN2GBGXB:3:23607:24238:3455 16224
NB501950:166:HVN2GBGXB:3:23402:13620:6968 18402

Answer 1

None 的 IFS 设置是正确的。 IFS= 是 取消设置 变量的方法，而不是将其设置为等于 space。事实上，您根本不需要设置 IFS，因为它默认为 space、制表符和换行符。

declare -A Readstart
while read -r queryid startpos; do
  echo "$queryid"
  echo "$startpos"
  Readstart[$queryid]="$startpos"
done < "Whosebug.txt"

使用您提供的示例文件为我工作。

如果以后需要知道如何设置IFS:

换行符：IFS=$'\n'
选项卡：IFS=$'\t'
space: IFS=' '

从 awk 生成的制表符分隔文件中填充关联数组的故障排除

Troubleshooting populating associative array from awk generated tab delimited file

bash

associative-array