如何设置不同颜色的 Cytoscape 网络节点中心？
How can I set a different color of Cytoscape network node center?
我有网络（figure A），
（来源：aacrjournals.org）
.
在这个图中，每个节点中心（我很困惑，它是一个子节点吗？）的颜色与节点填充颜色不同，我该怎么做？谢谢。
有趣的数字。光是看着它，我就能想出几种方法来获得这种效果。然而，这不是来自 Cytoscape 的常见可视化，所以我保证实际使用了这些方法中的哪些（如果有的话）。
- 单独的节点。一个 可以 创建额外的节点，将它们放置在其他节点的中心并完成此操作。然而，这对我来说听起来很容易出错，因此不推荐使用，尤其是对于具有超过几十个节点的网络。
- 节点边框。您可以将边框粗细和颜色映射到独立于节点填充的列。这可能是我显示这些数据的方式。但是，鉴于他们节点上的黑色细边框，我怀疑他们没有这样做。
- 饼图。您可以使用 enhancedGraphics 应用程序 (http://apps.cytoscape.org/apps/enhancedgraphics) 在节点中心创建实心圆（例如，单个值）。该应用程序支持高度可定制的语法，因此您可以独立于节点大小调整每个饼图的大小。这不是最简单的方法，但它会给您完全您所看到的图像。
当然，您可以使用 RCy3 (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html) 在 R 中以编程方式执行任何这些选项。请参阅以下函数：
- 设置节点颜色映射
- 设置节点大小映射
- setNodeBorderColorMapping
- 设置节点边框宽度映射
还有像这样的小插曲：
- Overview
- Custom Graphics（跳至增强图形部分）
我有网络（figure A），
（来源：aacrjournals.org）
.
在这个图中，每个节点中心（我很困惑，它是一个子节点吗？）的颜色与节点填充颜色不同，我该怎么做？谢谢。
有趣的数字。光是看着它，我就能想出几种方法来获得这种效果。然而，这不是来自 Cytoscape 的常见可视化，所以我保证实际使用了这些方法中的哪些（如果有的话）。
- 单独的节点。一个 可以 创建额外的节点，将它们放置在其他节点的中心并完成此操作。然而，这对我来说听起来很容易出错，因此不推荐使用，尤其是对于具有超过几十个节点的网络。
- 节点边框。您可以将边框粗细和颜色映射到独立于节点填充的列。这可能是我显示这些数据的方式。但是，鉴于他们节点上的黑色细边框，我怀疑他们没有这样做。
- 饼图。您可以使用 enhancedGraphics 应用程序 (http://apps.cytoscape.org/apps/enhancedgraphics) 在节点中心创建实心圆（例如，单个值）。该应用程序支持高度可定制的语法，因此您可以独立于节点大小调整每个饼图的大小。这不是最简单的方法，但它会给您完全您所看到的图像。
当然，您可以使用 RCy3 (https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/RCy3.html) 在 R 中以编程方式执行任何这些选项。请参阅以下函数：
- 设置节点颜色映射
- 设置节点大小映射
- setNodeBorderColorMapping
- 设置节点边框宽度映射
还有像这样的小插曲：
- Overview
- Custom Graphics（跳至增强图形部分）