在 Windows 10 上使用 Rtools4.0 构建 R 包

Question

我正在尝试使用 RTools4.0 on Windows 10 machine. My package needs the SBML C library and static libraries for SBML for building R packages on Window is provided by RTools4.0 link

构建一个 R 包

我能够成功安装 RTools4.0 和附加的 SBML 库。我检查了

中是否有 SBML 的头文件

C:\rtools40\mingw64\include\sbml> 和 libsbml.a 文件 n

C:\rtools40\mingw64\lib>

更新了最新信息

我的包在 Mac OSX (Mojave) 上成功构建（没有 RTools4.0），但是我在 Windows 上安装包时遇到问题。

我的Makevars.win文件内容如下：

CXX=clang++
PKG_CPPFLAGS= -I/mingw$(WIN)/include/
PKG_LIBS= $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS) -lsbml -lbz2 -lz -lxml2 -liconv -lws2_32

我能够 select rtools40 并使用 RStudio

中的以下命令构建包

Sys.setenv(PATH = paste("C:/rtools40/mingw64/bin", Sys.getenv("PATH"), sep=";"))
Sys.setenv(PATH = paste("C:/rtools40/mingw32/bin", Sys.getenv("PATH"), sep=";"))
Sys.setenv(BINPREF = "C:/rtools40/mingw32/bin/")  
devtools::install()

我得到的错误如下：

Installing Rcppsbml
"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/bin/x64/R" --no-site-file --no-environ --no-save  \
  --no-restore --quiet CMD INSTALL  \
  "C:/Users/sn248/Documents/GitHub/Rcppsbml"  \
  --library="C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4"  \
  --install-tests 

* installing *source* package 'Rcppsbml' ...
** libs

*** arch - i386
C:/rtools40/mingw32/bin/g++  -I"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/include" -DNDEBUG -I/mingw32/include/ -I"C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcpp/include"   -I"d:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/include"     -O2 -Wall  -mtune=core2 -c convertReactions.cpp -o convertReactions.o
C:/rtools40/mingw32/bin/g++  -I"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/include" -DNDEBUG -I/mingw32/include/ -I"C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcpp/include"   -I"d:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/include"     -O2 -Wall  -mtune=core2 -c printSBML.cpp -o printSBML.o
C:/rtools40/mingw32/bin/g++  -I"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/include" -DNDEBUG -I/mingw32/include/ -I"C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcpp/include"   -I"d:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/include"     -O2 -Wall  -mtune=core2 -c rcpp_hello.cpp -o rcpp_hello.o
C:/rtools40/mingw32/bin/g++ -shared -s -static-libgcc -o Rcppsbml.dll tmp.def convertReactions.o printSBML.o rcpp_hello.o -LC:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/bin/i386 -lRlapack -LC:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/bin/i386 -lRblas -lgfortran -lm -lquadmath -lsbml -lbz2 -lz -lxml2 -liconv -lws2_32 -Ld:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/lib/i386 -Ld:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/lib -LC:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/bin/i386 -lR
installing to C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcppsbml/libs/i386

*** arch - x64
C:/rtools40/mingw32/bin/g++  -I"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/include" -DNDEBUG -I/mingw64/include/ -I"C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcpp/include"   -I"d:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/include"     -O2 -Wall  -mtune=core2 -c convertReactions.cpp -o convertReactions.o
C:/rtools40/mingw32/bin/g++  -I"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/include" -DNDEBUG -I/mingw64/include/ -I"C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcpp/include"   -I"d:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/include"     -O2 -Wall  -mtune=core2 -c printSBML.cpp -o printSBML.o
C:/rtools40/mingw32/bin/g++  -I"C:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/include" -DNDEBUG -I/mingw64/include/ -I"C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcpp/include"   -I"d:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/include"     -O2 -Wall  -mtune=core2 -c rcpp_hello.cpp -o rcpp_hello.o
C:/rtools40/mingw32/bin/g++ -shared -s -static-libgcc -o Rcppsbml.dll tmp.def convertReactions.o printSBML.o rcpp_hello.o -LC:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/bin/x64 -lRlapack -LC:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/bin/x64 -lRblas -lgfortran -lm -lquadmath -lsbml -lbz2 -lz -lxml2 -liconv -lws2_32 -Ld:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/lib/x64 -Ld:/Compiler/gcc-4.9.3/local330/lib -LC:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/bin/x64 -lR
C:/PROGRA~1/R/R-34~1.1/bin/x64/Rlapack.dll: file not recognized: file format not recognized
collect2.exe: error: ld returned 1 exit status
no DLL was created
ERROR: compilation failed for package 'Rcppsbml'
* removing 'C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcppsbml'
* restoring previous 'C:/Users/sn248/Documents/R/win-library/3.4/Rcppsbml'
Error: Command failed (1)

我有点理解为什么会出现错误，因为即使对于 x64，也使用了 32 位编译器 C:/rtools40/mingw32/bin/g++。我不知道如何编写选项来为 x64 选择正确的编译器，因为 BINPREF 只需要 1 个目录作为输入。

我的R.version信息如下：

> R.version
               _                           
platform       x86_64-w64-mingw32          
arch           x86_64                      
os             mingw32                     
system         x86_64, mingw32             
status                                     
major          3                           
minor          4.1                         
year           2017                        
month          06                          
day            30                          
svn rev        72865                       
language       R                           
version.string R version 3.4.1 (2017-06-30)
nickname       Single Candle

完整的包代码可以在 - https://github.com/sn248/Rcppsbml

从上面可以看出，我正在使用 R-3.4.1（由于非技术问题，我现在无法更新）并且还安装了另一个版本的 Rtools（适用于 R-3.4.1）在我的机器上。

我的问题如下：

在使用 RStudio 的 Clean and Rebuild 选项构建包时，是否可以指定使用 rtools40？

即使我能够在我的机器上安装这个库，它是否可以用于 CRAN 检查？

如有任何帮助，将不胜感激，谢谢！！

Answer 1

我可以 post 回答我的问题，这有助于解决安装问题。

我必须将 R 中的 PATH 和 BINPREF 设置为：

Sys.setenv(PATH = paste("C:/rtools40/mingw$(WIN)/bin", Sys.getenv("PATH"), sep=";"))
Sys.setenv(BINPREF = "C:/rtools40/mingw$(WIN)/bin/")

然后使用devtools

安装

devtools::install()

这似乎在我的 Windows 机器上成功安装了软件包。但是，我不确定如何确保为 CRAN 选择了 RTools4.0。我可以在 Makevars.win 中设置这些首选项吗？

在 Windows 10 上使用 Rtools4.0 构建 R 包

Building R package with Rtools4.0 on Windows 10

r-package

rtools

sbml