将 Jupyter R 内核设置为环境版本,而不是系统默认版本

Set Jupyter R kernel to environment version, not to system default

今天我要在 Linux 机器上的 Anaconda 中设置 R 环境。目标是 运行 一个特定版本的 R 可以处理生物信息学管道的依赖关系。

到目前为止,我有: 下载并安装 Anaconda (v 4.5.4),并为 R:

创建并激活环境
conda create --name r_3.5.1
conda activate r_3.5.1

在激活的环境中搜索并下载了特定版本的 R 和 R-essentials:

conda search r-base
conda install -c conda-forge r=3.5.1
conda search r-essentials
conda install -c r r-essentials=3.5.1

然而,当我在这个环境中打开 jupyter-notebook,启动一个新的 R 笔记本,并检查 version,我 运行ning 版本 3.2.3。这个旧版本似乎是我 /usr/bin/r 中的版本,而我想要的 R 版本在 /home/me/anaconda3/envs/r_3.5.1

当我在特定环境中为 R 打开或创建 jupyter-notebook 时,如何指定它以我想要的特定版本的 R 打开?

在环境中打开 Jupyter notebook 不足以开始使用指定版本的 R。

为了解决这个问题,我在我的环境中安装了 jupyter:

conda install jupyter

然后我打开了一个之前使用错误R内核的preexisting jupyter notebook,运行在一个单元格中:

install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()

并在另一个单元格中用 version 确认我是 运行 正确的版本。