从 SLURM/SGE 直接调用系统命令

Question

我想直接从 sbatch (slurm/sge) 命令调用系统命令 (kat hist)，而不需要 .sh 脚本。不确定这样的事情是否可行？

这是我目前正在做的事情：

"sbatch -p %s -n %s -t %s ./kat_reads_call.sh %s %s %s %s/filter_10xReads.py %s %s" % arg_list

其中 .kat_reads.sh 就是这样做的：

#!/bin/bash
kat hist -o  -m  -t  <( -1  -2 )

目标是这样的：

"sbatch -p %s -n %s -t %s kat hist -o %s -m %s -t %s <(%s -1 %s -2 %s)" % arg_list

这是我收到的错误：

sbatch: error: This does not look like a batch script.  The first
sbatch: error: line must start with #! followed by the path to an interpreter.
sbatch: error: For instance: #!/bin/sh

Answer 1

检查sbatch的[=11th=]参数。你需要这样的东西：

"sbatch -p %s -n %s -t %s --wrap \"kat hist -o %s -m %s -t %s <(%s -1 %s -2 %s)\"" % arg_list

应用正确的转义序列，因为我不知道它是哪种语言。

从 SLURM/SGE 直接调用系统命令

Directly call system command from SLURM/SGE

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