为 pheatmap 图中的特定单元格着色

Question

我正在尝试为使用 R 程序包 pheatmap.

创建的图表中的任意单元格着色

简短示例：

library (pheatmap)

dat <- as.data.frame (scale (mtcars))

pheatmap (dat,
          color = colorRampPalette (c ("white", "red")) (5),
          cluster_rows = FALSE,
          cluster_cols = FALSE,
)

结果：

我想要用任意颜色给特定的单元格着色，所以我得到这样的结果：

有什么想法可以实现吗？

Answer 1

您可以设置 NA 需要不同颜色的单元格。然后，使用 pheatmap 的 na_col 选项，您可以设置这些单元格的颜色。

library (pheatmap)
dat <- as.data.frame(scale(mtcars))

# Set to NA the cells 
dat[, 10] <- NA
dat[10, 6] <- NA
dat[16, 4:6] <- NA

pheatmap(dat,
          color = colorRampPalette (c ("white", "red")) (5),
          cluster_rows = FALSE,
          cluster_cols = FALSE,
          na_col = "blue"
)

为 pheatmap 图中的特定单元格着色

Coloring a specific cell in pheatmap graph

r

colors

pheatmap