带有离散轴的circos plot的软件推荐

Question

我想制作一个类似 circos 的图来仅可视化 SNP（SNP 属性具有多个轨道）。它可以用 python、R 来完成，或者我很乐意考虑其他语言。

到目前为止，我已经了解了 circlize R 包。但是，在初始化 circos 图时出现错误 "Range of the sector ('C') cannot be 0"。我认为这个错误是由于我有离散数据 (SNP) 而不是所有位置的数据。或者这可能是因为我有一些重复的数据点。

我在下面简化了我的数据并显示了我到目前为止尝试过的代码：

Sample  Gene    Pos read_depth  Freq
1   A   20394   43  99
1   B   56902   24  99
2   A   20394   50  99
2   B   56902   73  99
3   A   20394   67  50
3   B   56902   20  99
3   C   2100394 21  50

install.packages("circlize")
library(circlize)
data <- read.table("test_circos.txt", sep='\t', header=TRUE)
circos.par("track.height" = 0.1)
circos.initialize(factors = data$Gene, x = data$Pos)

我想知道是否有可能得到一个类似 circos 的图，其中我的每个数据点（在我的示例中为 7 个）被绘制为一个单独的数据点，而不绘制任何其他点，顺便说一下离散轴的。

Answer 1

如果有人感兴趣，我决定做如下：

每个类别的数据点数量 (='Gene')；新列 'Number':

Sample  Gene  Pos     depth  Freq   Number
1       A     20394   43     99     1      
1       B     56902   24     99     1
2       A     20394   50     99     2
2       B     56902   73     99     2
3       A     20394   67     50     3
3       B     56902   20     99     3
3       C     2100394 21     50     1

设计circos配置文件如下（实际配置文件中不包含header）：

chr - ID  LABEL START END COLOUR
chr - A   A     0     3   chr1
chr - B   B     0     3   chr2
chr - C   C     0     1   chr3

这意味着我的基因的长度将等于在所述基因中识别的 SNP 的数量，并且基因的每个 bp 将代表我的 SNP 文件中的一行 (=SNP)。

然后我就可以正常使用circos了。

最后，我选择了circos，因为它看起来文档最好，因此更容易学习，而且看起来更灵活。

带有离散轴的circos plot的软件推荐

Software recommendation for circos plot with discrete axis

python

r

circlize

circos