从 R 中的 S4 class 输出中检索值

Question

我正在用 R 编写模拟。我决定在我的函数中使用 S4 class 到 return 两个值。当我运行模拟时，我想知道如何从输出中检索值以计算它们的分布矩，例如均值？

setClass(Class="Coalescent", 
         representation(
           TMRCA="numeric",
           t_total="numeric"
           )
         )

输出如下所示：

> TMRCA_sim <-replicate(10000, Coalescent_fun(n, Ne))
> head(TMRCA_sim)
[[1]]
An object of class "Coalescent"
Slot "TMRCA":
[1] 6.723592

Slot "t_total":
[1] 9.693661


[[2]]
An object of class "Coalescent"
Slot "TMRCA":
[1] 1.592346

Slot "t_total":
[1] 11.50406

我想做的是提取 "TMRCA" 和 "t_total" 的所有值并计算平均值。当然，我可以使用许多其他方法来进行模拟，但我想同时学习 classes 的使用。

Answer 1

您可以将数据提取到矩阵中：

mx <- sapply(TMRCA_sim, function(x) sapply(slotNames(x), slot, object=x))

有了一些虚构的数据，这就是 mx 的样子：

             [,1]      [,2]      [,3]      [,4]      [,5] 
TMRCA   0.3823880 0.3403490 0.5995658 0.1862176 0.6684667 
t_total 0.8696908 0.4820801 0.4935413 0.8273733 0.7942399

然后你可以使用rowMeans或apply:

rowMeans(mx)
apply(mx, 1, mean)  # equivalent, though slower and more flexible
apply(mx, 1, var)

尽管正如我在评论中指出的那样，这是在 R 中做事的一种非常缓慢的方式。您希望 Coalescent_fun 生成具有两个向量的对象，每个向量都有许多条目，而不是每次模拟一个对象。

从 R 中的 S4 class 输出中检索值

Retrieve a value from S4 class output in R

r

s4