如何搜索脚本的输出并将小节保存到文件中？

Question

我有一个命令 nipype.interface.afni.Warp，它给我以下 python 终端输出：

190920-12:22:00,333 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.333467:++ 3dWarp: AFNI version=AFNI_19.2.21 (Aug 29 2019) [64-bit]
190920-12:22:00,334 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.334117:++ Authored by: RW Cox
190920-12:22:00,365 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:00.365105:++ Using minimum spacing of 1.000000 mm for new grid spacing
190920-12:22:03,252 nipype.interface INFO:
         stderr 2019-09-20T12:22:03.252756:++ Output dataset /media/sf_Ubuntu_files/dicomtest/warp_test.nii.gz
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:# mat44 Obliquity Transformation ::
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:      1.000000     -0.000000      0.000000       0.000000
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:      0.000000      0.999592     -0.028568      -1.842994
190920-12:22:03,253 nipype.interface INFO:
         stdout 2019-09-20T12:22:03.253083:     -0.000000      0.028568      0.999592       3.788057

我想在“# mat44 Obliquity Transformation ::”行下捕获底部的矩阵并将其写入文件。我已经在 bash 中完成了此操作，看起来像这样：

3dWarp -flags_and_stuff | \grep  -A 4 '# mat44 Obliquity Transformation ::'  > $filename.1D

但是我想用 python 来编写上面的 bash 命令。

按照 this blog post 的步骤，我尝试了这个：

command = ['python3' ,"nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]
my_env = os.environ.copy()
my_env["PATH"] = "/usr/sbin:/sbin:" + my_env["PATH"]
p = subprocess.Popen(command, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.STDOUT, env=my_env)

但是当我输入 p.communicate() 我得到：

>>> p.communicate()
(b"python3: can't open file 'nipype.interfaces.afni.Warp(<stuff>).run()': [Errno 2] No such file or directory\n", None)

如何在 python 中完成这项工作？还是在bash执行比较好？我正在编写的脚本将使用这一行数千次，所以无论最快的方法是什么（我假设这也意味着最多 "pythonic"）。

Answer 1

我认为 python3 的命令行参数在 Python 的 Popen 调用中不正确。有

command = ['python3' ,"nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]

已启动的 python3 进程认为第一个参数是要执行的文件，但您打算 Python 代码片段运行。

将您的 command 声明更改为以下内容：

command = ['python3' ,'-c', "nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run()"]

这应该使生成的 python3 进程将该参数解释为要执行的命令，而不是文件名。

这当然是假设您首先要执行此操作。如果您要在 Python 中启动 Python 的子进程，为什么不在脚本中直接运行和 nipype.interfaces.afni.Warp('more stuff').run() 而不使用 Popen？

如何搜索脚本的输出并将小节保存到文件中？

How to search the output of a script and save a subsection to a file?

python

bash

subprocess

stdout

nipype